كيفية إنشاء قطعة أرض للغابات في r

يتم استخدام مخطط الغابة (يسمى أحيانًا “blobbogram”) في التحليل التلوي لتصور نتائج دراسات متعددة في مخطط واحد.

شاي

يوفر هذا النوع من المخططات طريقة ملائمة لعرض نتائج دراسات متعددة في نفس الوقت.

يوضح المثال التالي كيفية إنشاء قطعة أرض غابة في R.

مثال: قطعة أرض غابة في R

لإنشاء قطعة أرض غابة في R، نحتاج أولاً إلى إنشاء إطار بيانات يحتوي على حجم التأثير (أو أي قيمة أخرى محل اهتمام) وفترات الثقة العلوية والسفلية لكل دراسة:

 #create data
df <- data. frame (study=c('S1', 'S2', 'S3', 'S4', 'S5', 'S6', 'S7'),
                 index=1:7,
                 effect=c(-.4, -.25, -.1, .1, .15, .2, .3),
                 lower=c(-.43, -.29, -.17, -.02, .04, .17, .27),
                 upper=c(-.37, -.21, -.03, .22, .24, .23, .33))

#view data
head(df)

  study index effect lower upper
1 S1 1 -0.40 -0.43 -0.37
2 S2 2 -0.25 -0.29 -0.21
3 S3 3 -0.10 -0.17 -0.03
4 S4 4 0.10 -0.02 0.22
5 S5 5 0.15 0.04 0.24
6 S6 6 0.20 0.17 0.23
7 S7 7 0.30 0.27 0.33

بعد ذلك، يمكننا استخدام وظائف حزمة تصور البيانات ggplot2 لإنشاء مخطط الغابة التالي:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(name = "", breaks=1: nrow (df), labels=df$study) 

يعرض المحور السيني حجم التأثير لكل دراسة ويعرض المحور الصادي اسم كل دراسة.

تعرض النقاط في الرسم البياني حجم التأثير لكل دراسة وتظهر أشرطة الخطأ حدود فاصل الثقة.

لاحظ أنه يمكننا أيضًا إضافة عنوان وتغيير تسميات المحاور وإضافة خط عمودي بحجم تأثير صفر لجعل المخطط يبدو أفضل:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_minimal() 

لا تتردد في تغيير موضوع الحبكة لجعلها تبدو بالطريقة التي تريدها. على سبيل المثال، يمكننا أيضًا استخدام theme_classic() ‎ للحصول على مظهر أكثر كلاسيكية:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_classic() 

مصادر إضافية

كيفية إنشاء قطعة أرض غابة في إكسيل
دليل كامل لأفضل موضوعات ggplot2