كيفية إجراء اختبار رتبة السجل في r

يعد اختبار رتبة السجل الطريقة الأكثر شيوعًا لمقارنة منحنيات البقاء بين مجموعتين.

يستخدم هذا الاختبارالافتراضات التالية:

ح ₀ : لا يوجد فرق في البقاء بين المجموعتين.

ح _أ : هناك اختلاف في البقاء على قيد الحياة بين المجموعتين.

إذا كانت القيمة p للاختبار أقل من مستوى معين من الأهمية (على سبيل المثال α = 0.05)، فيمكننا رفض فرضية العدم ونستنتج أن هناك أدلة كافية للقول بأن هناك فرقًا في البقاء على قيد الحياة بين المجموعتين.

لإجراء اختبار رتبة السجل في R، يمكننا استخدام الدالة survdiff() من حزمة البقاء ، والتي تستخدم بناء الجملة التالي:

survdiff(Surv(الوقت، الحالة) ~ المتنبئين، البيانات)

تقوم هذه الدالة بإرجاع إحصائية اختبار مربع كاي وقيمة p المقابلة.

يوضح المثال التالي كيفية استخدام هذه الوظيفة لإجراء اختبار تصنيف السجل في R.

مثال: اختبار رتبة السجل في R

في هذا المثال، سوف نستخدم مجموعة بيانات المبيض من حزمة البقاء . تحتوي مجموعة البيانات هذه على المعلومات التالية عن 26 مريضًا:

• مدة البقاء على قيد الحياة (بالأشهر) بعد تشخيص الإصابة بسرطان المبيض
• ما إذا كان وقت البقاء خاضعًا للرقابة أم لا
• نوع العلاج الذي تم تلقيه (rx = 1 أو rx = 2)

يوضح التعليمة البرمجية التالية كيفية عرض الصفوف الستة الأولى من مجموعة البيانات هذه:

 library (survival)

#view first six rows of dataset
head(ovarian)

  futime fustat age resid.ds rx ecog.ps
1 59 1 72.3315 2 1 1
2 115 1 74.4932 2 1 1
3 156 1 66.4658 2 1 2
4 421 0 53.3644 2 2 1
5,431 1 50.3397 2 1 1
6 448 0 56.4301 1 1 2

يوضح الكود التالي كيفية إجراء اختبار تصنيف السجل لتحديد ما إذا كان هناك اختلاف في البقاء على قيد الحياة بين المرضى الذين تلقوا علاجات مختلفة:

 #perform log rank test
survdiff(Surv(futime, fustat) ~ rx, data=ovarian)

Call:
survdiff(formula = Surv(futime, fustat) ~ rx, data = ovarian)

      N Observed Expected (OE)^2/E (OE)^2/V
rx=1 13 7 5.23 0.596 1.06
rx=2 13 5 6.77 0.461 1.06

 Chisq= 1.1 on 1 degrees of freedom, p= 0.3 

إحصائيات اختبار Chi-square هي 1.1 مع درجة حرية واحدة والقيمة p المقابلة هي 0.3 . وبما أن هذه القيمة p لا تقل عن 0.05، فإننا نفشل في رفض فرضية العدم.

بمعنى آخر، ليس لدينا أدلة كافية لنقول بوجود فرق ذو دلالة إحصائية في البقاء على قيد الحياة بين العلاجين.

يمكننا أيضًا رسم منحنيات البقاء لكل مجموعة باستخدام الصيغة التالية:

 #plot survival curves for each treatment group
plot(survfit(Surv(futime, fustat) ~ rx, data = ovarian), 
     xlab = " Time ", 
     ylab = “ Overall survival probability ”)

يمكننا أن نرى أن منحنيات البقاء مختلفة قليلاً، لكن اختبار رتبة السجل أخبرنا أن الفرق ليس ذا دلالة إحصائية.