كيفية حساب اختلاف براي كيرتس في r

يعد اختلاف براي كيرتس طريقة لقياس الاختلاف بين موقعين مختلفين.

غالبًا ما يستخدم في علم البيئة وعلم الأحياء لتحديد الفرق بين موقعين من حيث الأنواع الموجودة في تلك المواقع.

يتم حسابه على النحو التالي:

BC _j = 1 – (2*C _j ) / (S _i + S _j )

ذهب:

• _Cij : مجموع القيم الدنيا للأنواع الموجودة في كل موقع.
• S _i : العدد الإجمالي للعينات التي تم عدها في الموقع i
• S _j : العدد الإجمالي للعينات التي تم عدها في الموقع j

يكون اختلاف براي-كيرتس دائمًا بين 0 و 1 حيث:

• يشير 0 إلى عدم وجود اختلاف بين الموقعين. وبعبارة أخرى، فإنهم يتشاركون بالضبط نفس العدد من كل نوع من الأنواع.
• يشير الشكل 1 إلى أن الموقعين لهما اختلاف كامل. بمعنى آخر، لا يتشاركون في أي نوع من نفس النوع.

على سبيل المثال، لنفترض أن عالم النبات خرج وأحصى عدد خمسة أنواع نباتية مختلفة (A، B، C، D، وE) في موقعين مختلفين.

ويلخص الجدول التالي البيانات التي جمعتها:

وباستخدام هذه البيانات، يمكنها حساب اختلاف براي-كيرتس على النحو التالي:

ومن خلال دمج هذه الأرقام في صيغة تباين براي-كيرتس، نحصل على:

• BC _j = 1 – (2*C _j ) / (S _i + S _j )
• ب _ج = 1 – (2*15) / (21 + 24)
• قبل الميلاد _ط = 0.33

إن اختلاف براي-كيرتس بين هذين الموقعين هو 0.33 .

يوضح المثال التالي كيفية حساب اختلاف Bray-Curtis في R.

مثال: حساب اختلاف براي كيرتس في R

أولاً، لنقم بإنشاء إطار البيانات التالي في R للاحتفاظ بقيم البيانات لدينا:

 #create data frame
df <- data. frame (A=c(4, 3),
                 B=c(0, 6),
                 C=c(2, 0),
                 D=c(7, 4),
                 E=c(8, 11))

#view data frame
df

  A B C D E
1 4 0 2 7 8
2 3 6 0 4 11

يمكننا استخدام الكود التالي لحساب اختلاف Bray-Curtis بين الصفين في إطار البيانات:

 #calculate Bray–Curtis dissimilarity
sum( apply (df, 2, function (x) abs ( max (x)- min (x)))) / sum ( rowSums (df))

[1] 0.3333333

تبين أن Bray-Curtis يساوي 0.33 بشكل مختلف.

وهذا يطابق القيمة التي حسبناها يدويًا سابقًا.

ملاحظة : لن تعمل هذه الصيغة إلا إذا كان كل صف في إطار البيانات يمثل موقعًا منفصلاً.

مصادر إضافية

تشرح البرامج التعليمية التالية كيفية حساب مقاييس التشابه الأخرى في R:

كيفية حساب تشابه جاكارد في R
كيفية حساب تشابه جيب التمام في R