كيفية استخدام pheatmap() في r لإنشاء خرائط الحرارة

يمكنك استخدام وظيفة pheatmap() لحزمة pheatmap في R لإنشاء خرائط حرارية مخصصة للغاية.

توضح الأمثلة التالية كيفية استخدام هذه الوظيفة عمليًا مع مجموعة البيانات المزيفة التالية:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

مثال 1: إنشاء خريطة حرارية أساسية

يمكننا إنشاء خريطة حرارية بالإعدادات الافتراضية في الخريطة الحرارية لتصور جميع قيم المصفوفة:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

المثال 2: إنشاء خريطة حرارية باستخدام تسميات الخلايا

يمكننا الإنشاء باستخدام الوسيطتين Display_numbers و fontsize_number لعرض القيم الرقمية في كل خلية من الخريطة الحرارية بحجم خط محدد:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

ملاحظة : القيمة الافتراضية لـ Fontsize_number هي 8 .

المثال 3: إنشاء خريطة حرارية بألوان مخصصة

يمكننا أيضًا استخدام الوسيطة colorRampPalette لتحديد الألوان التي سيتم استخدامها للقيم المنخفضة والمتوسطة والعالية في الخريطة الحرارية:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

يتم الآن عرض القيم المنخفضة باللون الأزرق ، ويتم عرض القيم المتوسطة باللون الأبيض ، ويتم عرض القيم العالية باللون الأحمر .

لا تتردد في تحديد الألوان التي تريدها لإنشاء مقياس الألوان الخاص بك للخريطة الحرارية الخاصة بك.

مصادر إضافية

تشرح البرامج التعليمية التالية كيفية تنفيذ المهام الشائعة الأخرى في R:

كيفية إنشاء خريطة حرارة الارتباط في R
كيفية إنشاء خريطة حرارية في R باستخدام ggplot2
كيفية رسم البيانات الفئوية في R