So verwenden sie pheatmap() in r, um heatmaps zu erstellen

Sie können die Funktion pheatmap() des Pakets pheatmap in R verwenden, um hochgradig angepasste Heatmaps zu erstellen.

Die folgenden Beispiele zeigen, wie diese Funktion in der Praxis mit dem folgenden gefälschten Datensatz verwendet wird:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

Beispiel 1: Erstellen Sie eine einfache Heatmap

Wir können eine Heatmap mit den Standardeinstellungen in der Heatmap erstellen, um alle Matrixwerte zu visualisieren:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

Beispiel 2: Erstellen Sie eine Heatmap mit Zellbeschriftungen

Mit den Argumenten display_numbers und fontsize_number können wir erstellen, um die numerischen Werte in jeder Zelle der Heatmap mit einer bestimmten Schriftgröße anzuzeigen:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

Hinweis : Der Standardwert für „fontsize_number“ ist 8 .

Beispiel 3: Erstellen Sie eine Heatmap mit benutzerdefinierten Farben

Wir können auch das Argument colorRampPalette verwenden, um anzugeben, welche Farben für niedrige, mittlere und hohe Werte in der Heatmap verwendet werden sollen:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

Niedrige Werte werden jetzt in Blau angezeigt, mittlere Werte in Weiß und hohe Werte in Rot .

Geben Sie gerne die gewünschten Farben an, um Ihre eigene Farbskala für Ihre Heatmap zu erstellen.

Zusätzliche Ressourcen

Die folgenden Tutorials erklären, wie Sie andere häufige Aufgaben in R ausführen:

So erstellen Sie eine Korrelations-Heatmap in R
So erstellen Sie eine Heatmap in R mit ggplot2
So zeichnen Sie kategoriale Daten in R auf