हीटमैप बनाने के लिए आर में फेटमैप() का उपयोग कैसे करें

अत्यधिक अनुकूलित हीटमैप बनाने के लिए आप आर में फेटमैप पैकेज के फेटमैप() फ़ंक्शन का उपयोग कर सकते हैं।

निम्नलिखित उदाहरण दिखाते हैं कि निम्नलिखित नकली डेटासेट के साथ व्यवहार में इस फ़ंक्शन का उपयोग कैसे करें:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

उदाहरण 1: एक बुनियादी ताप मानचित्र बनाएँ

हम सभी मैट्रिक्स मानों को देखने के लिए हीटमैप में डिफ़ॉल्ट सेटिंग्स के साथ एक हीटमैप बना सकते हैं:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

उदाहरण 2: सेल लेबल के साथ एक हीट मैप बनाएं

हम हीटमैप के प्रत्येक सेल में एक विशिष्ट फ़ॉन्ट आकार के साथ संख्यात्मक मान प्रदर्शित करने के लिए डिस्प्ले_नंबर और फॉन्टसाइज_नंबर तर्कों का उपयोग कर सकते हैं:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

ध्यान दें : fontsize_number का डिफ़ॉल्ट मान 8 है।

उदाहरण 3: कस्टम रंगों के साथ एक हीट मैप बनाएं

हम हीटमैप में निम्न, मध्यम और उच्च मानों के लिए कौन से रंगों का उपयोग करना है यह निर्दिष्ट करने के लिए colorRampPalette तर्क का भी उपयोग कर सकते हैं:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

कम मान अब नीले रंग में प्रदर्शित होते हैं, मध्यम मान सफेद रंग में प्रदर्शित होते हैं, और उच्च मान लाल रंग में प्रदर्शित होते हैं।

बेझिझक उन रंगों को निर्दिष्ट करें जिन्हें आप अपने हीट मैप के लिए अपना स्वयं का रंग स्केल बनाना चाहते हैं।

अतिरिक्त संसाधन

निम्नलिखित ट्यूटोरियल बताते हैं कि आर में अन्य सामान्य कार्य कैसे करें:

आर में सहसंबंध हीटमैप कैसे बनाएं
Ggplot2 का उपयोग करके R में हीट मैप कैसे बनाएं
आर में श्रेणीबद्ध डेटा कैसे प्लॉट करें