Cara menggunakan pheatmap() di r untuk membuat peta panas

Anda dapat menggunakan fungsi pheatmap() dari paket pheatmap di R untuk membuat peta panas yang sangat disesuaikan.

Contoh berikut menunjukkan cara menggunakan fungsi ini dalam praktiknya dengan kumpulan data palsu berikut:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

Contoh 1: Buat peta panas dasar

Kita dapat membuat peta panas dengan pengaturan default di peta panas untuk memvisualisasikan semua nilai matriks:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

Contoh 2: Buat peta panas dengan label sel

Kita dapat membuat menggunakan argumen display_numbers dan fontize_number untuk menampilkan nilai numerik di setiap sel peta panas dengan ukuran font tertentu:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

Catatan : Nilai default untuk fontize_number adalah 8 .

Contoh 3: Buat peta panas dengan warna khusus

Kita juga dapat menggunakan argumen colorRampPalette untuk menentukan warna mana yang akan digunakan untuk nilai rendah, sedang, dan tinggi di peta panas:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

Nilai rendah kini ditampilkan dalam warna biru , nilai sedang ditampilkan dalam warna putih , dan nilai tinggi ditampilkan dalam warna merah .

Jangan ragu untuk menentukan warna yang Anda inginkan untuk membuat skala warna Anda sendiri untuk peta panas Anda.

Sumber daya tambahan

Tutorial berikut menjelaskan cara melakukan tugas umum lainnya di R:

Cara Membuat Peta Panas Korelasi di R
Cara membuat peta panas di R menggunakan ggplot2
Cara memplot data kategorikal di R