Cara membuat plot bland-altman di r (langkah demi langkah)

Plot Bland-Altman digunakan untuk memvisualisasikan perbedaan pengukuran antara dua instrumen berbeda atau dua teknik pengukuran berbeda.

Berguna untuk menentukan seberapa mirip dua instrumen atau teknik dalam mengukur konsep yang sama.

Tutorial ini memberikan contoh langkah demi langkah tentang cara membuat plot Bland-Altman di R.

Langkah 1: Buat datanya

Misalkan seorang ahli biologi menggunakan dua instrumen berbeda (A dan B) untuk mengukur berat 20 katak berbeda yang sama, dalam gram.

Kami akan membuat kerangka data berikut di R yang mewakili berat setiap katak, yang diukur oleh setiap instrumen:

 #create data
df <- data. frame (A=c(5, 5, 5, 6, 6, 7, 7, 7, 8, 8, 9,
                     10, 11, 13, 14, 14, 15, 18, 22, 25),
                 B=c(4, 4, 5, 5, 5, 7, 8, 6, 9, 7, 7, 11,
                     13, 13, 12, 13, 14, 19, 19, 24))

#view first six rows of data
head(df)

  AB
1 5 4
2 5 4
3 5 5
4 6 5
5 6 5
6 7 7

Langkah 2: Hitung perbedaan pengukuran

Selanjutnya, kita akan membuat dua kolom baru di bingkai data yang berisi rata-rata pengukuran setiap katak serta selisih pengukurannya:

 #create new column for average measurement
df$avg <- rowMeans(df) 

#create new column for difference in measurements
df$diff <- df$A - df$B

#view first six rows of data
head(df)

  AB avg diff
1 5 4 4.5 1
2 5 4 4.5 1
3 5 5 5.0 0
4 6 5 5.5 1
5 6 5 5.5 1
6 7 7 7.0 0

Langkah 3: Hitung perbedaan rata-rata dan interval kepercayaan

Selanjutnya kita akan menghitung rata-rata selisih pengukuran kedua instrumen serta batas atas dan bawah interval kepercayaan 95% untuk selisih rata-rata tersebut:

 #find average difference
mean_diff <- mean(df$diff)

mean_diff

[1] 0.5

#find lower 95% confidence interval limits
lower <- mean_diff - 1.96*sd(df$diff)

lower

[1] -1.921465

#find upper 95% confidence interval limits
upper <- mean_diff + 1.96*sd(df$diff)

upper

[1] 2.921465

Perbedaan rata-ratanya adalah 0,5 dan interval kepercayaan 95% untuk perbedaan rata-rata tersebut adalah [-1.921, 2.921] .

Langkah 4: Buat Plot Bland-Altman

Selanjutnya, kita akan menggunakan kode berikut untuk membuat plot Bland-Altman menggunakan paket visualisasi data ggplot2 :

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create Bland-Altman plot
ggplot(df, aes (x = avg, y = diff)) +
  geom_point(size=2) +
  geom_hline(yintercept = mean_diff) +
  geom_hline(yintercept = lower, color = " red ", linetype=" dashed ") +
  geom_hline(yintercept = upper, color = " red ", linetype=" dashed ") +
  ggtitle(" Bland-Altman Plot ") +
  ylab(" Difference Between Measurements ") +
  xlab(" Average Measurement ") 

Sumbu x pada plot menampilkan rata-rata pengukuran kedua instrumen dan sumbu y menampilkan selisih pengukuran kedua instrumen.

Garis hitam mewakili perbedaan rata-rata pengukuran antara kedua instrumen, sedangkan dua garis putus-putus merah mewakili batas interval kepercayaan 95% untuk perbedaan rata-rata.