Cara membuat petak hutan di r

Plot hutan (terkadang disebut “blobbogram”) digunakan dalam meta-analisis untuk memvisualisasikan hasil berbagai penelitian dalam satu plot.

teh

Jenis plot ini memberikan cara mudah untuk melihat hasil beberapa penelitian secara bersamaan.

Contoh berikut menunjukkan cara membuat plot hutan di R.

Contoh: sebidang hutan di R

Untuk membuat plot hutan di R, pertama-tama kita perlu membuat bingkai data yang berisi ukuran efek (atau nilai lain yang menarik) dan interval kepercayaan atas dan bawah untuk setiap studi:

 #create data
df <- data. frame (study=c('S1', 'S2', 'S3', 'S4', 'S5', 'S6', 'S7'),
                 index=1:7,
                 effect=c(-.4, -.25, -.1, .1, .15, .2, .3),
                 lower=c(-.43, -.29, -.17, -.02, .04, .17, .27),
                 upper=c(-.37, -.21, -.03, .22, .24, .23, .33))

#view data
head(df)

  study index effect lower upper
1 S1 1 -0.40 -0.43 -0.37
2 S2 2 -0.25 -0.29 -0.21
3 S3 3 -0.10 -0.17 -0.03
4 S4 4 0.10 -0.02 0.22
5 S5 5 0.15 0.04 0.24
6 S6 6 0.20 0.17 0.23
7 S7 7 0.30 0.27 0.33

Selanjutnya, kita dapat menggunakan fungsi paket visualisasi data ggplot2 untuk membuat plot hutan berikut:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(name = "", breaks=1: nrow (df), labels=df$study) 

Sumbu x menampilkan ukuran efek setiap penelitian dan sumbu y menampilkan nama setiap penelitian.

Titik-titik pada grafik menampilkan ukuran efek untuk setiap penelitian dan bilah kesalahan menunjukkan batas interval kepercayaan.

Perhatikan bahwa kita juga dapat menambahkan judul, mengubah label sumbu, dan menambahkan garis vertikal dengan ukuran efek nol untuk membuat bagan terlihat lebih baik:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_minimal() 

Jangan ragu untuk mengubah tema plot agar terlihat sesuai keinginan Anda. Misalnya, kita juga bisa menggunakan theme_classic() untuk tampilan yang lebih klasik:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_classic() 

Sumber daya tambahan

Cara membuat plot hutan di Excel
Panduan lengkap tema ggplot2 terbaik