Come utilizzare pheatmap() in r per creare mappe di calore

È possibile utilizzare la funzione pheatmap() del pacchetto pheatmap in R per creare mappe di calore altamente personalizzate.

I seguenti esempi mostrano come utilizzare questa funzione nella pratica con il seguente set di dati falso:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

Esempio 1: creare una mappa termica di base

Possiamo creare una mappa termica con le impostazioni predefinite nella mappa termica per visualizzare tutti i valori della matrice:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

Esempio 2: creare una mappa termica con etichette di cella

Possiamo creare utilizzando gli argomenti display_numbers e fontsize_number per visualizzare i valori numerici in ciascuna cella della mappa termica con una dimensione del carattere specifica:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

Nota : il valore predefinito per fontsize_number è 8 .

Esempio 3: crea una mappa termica con colori personalizzati

Possiamo anche utilizzare l’argomento colorRampPalette per specificare quali colori utilizzare per i valori basso, medio e alto nella mappa termica:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

I valori bassi vengono ora visualizzati in blu , i valori medi vengono visualizzati in bianco e i valori alti vengono visualizzati in rosso .

Sentiti libero di specificare i colori con cui desideri creare la tua scala di colori per la tua mappa termica.

Risorse addizionali

I seguenti tutorial spiegano come eseguire altre attività comuni in R:

Come creare una mappa termica di correlazione in R
Come creare una mappa termica in R utilizzando ggplot2
Come tracciare i dati categorici in R