{"id":2557,"date":"2023-07-21T18:14:57","date_gmt":"2023-07-21T18:14:57","guid":{"rendered":"https:\/\/statorials.org\/it\/normalizzazione-quantilica-in-r\/"},"modified":"2023-07-21T18:14:57","modified_gmt":"2023-07-21T18:14:57","slug":"normalizzazione-quantilica-in-r","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/statorials.org\/it\/normalizzazione-quantilica-in-r\/","title":{"rendered":"Come eseguire la normalizzazione quantile in r"},"content":{"rendered":"<p><\/p>\n<hr>\n<p><span style=\"color: #000000;\">In statistica, <a href=\"https:\/\/en.wikipedia.org\/wiki\/Quantile_normalization\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">la normalizzazione quantilica<\/a> \u00e8 un metodo che rende due distribuzioni identiche in termini di propriet\u00e0 statistiche.<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">L&#8217;esempio seguente mostra come eseguire la normalizzazione quantile in R.<\/span><\/p>\n<h3> <span style=\"color: #000000;\"><strong>Esempio: normalizzazione quantile in R<\/strong><\/span><\/h3>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Supponiamo di creare il seguente frame di dati in R che contiene due colonne:<\/span><\/p>\n<pre style=\"background-color: #ececec; font-size: 15px;\"> <strong><span style=\"color: #008080;\">#make this example reproducible\n<\/span>set. <span style=\"color: #3366ff;\">seeds<\/span> (0)\n\n<span style=\"color: #008080;\">#create data frame with two columns\n<\/span>df &lt;- data. <span style=\"color: #3366ff;\">frame<\/span> (x=rnorm(1000),\n                 y=rnorm(1000))\n\n<span style=\"color: #008080;\">#view first six rows of data frame\n<\/span>head(df)\n\n           xy\n1 1.2629543 -0.28685156\n2 -0.3262334 1.84110689\n3 1.3297993 -0.15676431\n4 1.2724293 -1.38980264\n5 0.4146414 -1.47310399\n6 -1.5399500 -0.06951893<\/strong><\/pre>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Possiamo usare le funzioni <a href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/una-guida-per-applicare-lapply-sapply-e-tapply-in-r\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">sapply()<\/a> e <a href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/funzione-quantile-in-r\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">quantile()<\/a> per calcolare i quantili di x e y:<\/span><\/p>\n<pre style=\"background-color: #ececec; font-size: 15px;\"> <strong><span style=\"color: #008080;\">#calculate quantiles for x and y\n<\/span>sapply(df, function(x) quantile(x, probs = seq(0, 1, 1\/4)))\n\n               xy\n0% -3.23638573 -3.04536393\n25% -0.70845589 -0.73331907\n50% -0.05887078 -0.03181533\n75% 0.68763873 0.71755969\n100% 3.26641452 3.03903341\n<\/strong><\/pre>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Si noti che xey hanno valori simili per i quantili, ma non valori identici.<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Ad esempio, il valore del 25\u00b0 percentile per x \u00e8 <strong>-0,708<\/strong> e il valore del 25\u00b0 percentile per y \u00e8 <strong>-0,7333<\/strong> .<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Per eseguire la normalizzazione dei quantili, possiamo utilizzare la funzione <strong>normalize.quantiles()<\/strong> dal pacchetto <a href=\"https:\/\/bioconductor.org\/packages\/release\/bioc\/html\/preprocessCore.html\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">preprocessCore<\/a> in R:<\/span><\/p>\n<pre style=\"background-color: #ececec; font-size: 15px;\"> <strong><span style=\"color: #008000;\">library<\/span> (preprocessCore)\n\n<span style=\"color: #008080;\">#perform quantile normalization\n<\/span>df_norm &lt;- as. <span style=\"color: #3366ff;\">data<\/span> . <span style=\"color: #3366ff;\">frame<\/span> ( <span style=\"color: #3366ff;\">normalize.quantiles<\/span> ( <span style=\"color: #3366ff;\">as.matrix<\/span> (df)))\n\n<span style=\"color: #008080;\">#rename data frame columns\n<\/span>names(df_norm) &lt;- c(' <span style=\"color: #ff0000;\">x<\/span> ', ' <span style=\"color: #ff0000;\">y<\/span> ')\n\n<span style=\"color: #008080;\">#view first six row of new data frame\n<\/span>head(df_norm)\n\n           xy\n1 1.2632137 -0.28520228\n2 -0.3469744 1.82440519\n3 1.3465807 -0.16471644\n4 1.2692599 -1.34472394\n5 0.4161133 -1.43717759\n6 -1.6269731 -0.07906793\n<\/strong><\/pre>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Possiamo quindi utilizzare il seguente codice per calcolare nuovamente i quantili di x e y:<\/span><\/p>\n<pre style=\"background-color: #ececec; font-size: 15px;\"> <strong><span style=\"color: #008080;\">#calculate quantiles for x and y\n<\/span>sapply(df_norm, function(x) quantile(x, probs = seq(0, 1, 1\/4)))\n\n               xy\n0% -3.14087483 -3.14087483\n25% -0.72088748 -0.72088748\n50% -0.04534305 -0.04534305\n75% 0.70259921 0.70259921\n100% 3.15272396 3.15272396\n<\/strong><\/pre>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Nota che i quantili ora sono gli stessi per x e y.<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Diremmo che xey sono stati normalizzati quantili. In altre parole, le due distribuzioni sono ora identiche in termini di propriet\u00e0 statistiche.<\/span><\/p>\n<h3> <span style=\"color: #000000;\"><strong>Risorse addizionali<\/strong><\/span><\/h3>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">I seguenti tutorial spiegano come eseguire altre attivit\u00e0 comuni in R:<\/span><\/p>\n<p> <a href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/come-normalizzare-i-dati-in-r\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Come normalizzare i dati in R<\/a><br \/> <a href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/percentili-in-r\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Come calcolare i percentili in R<\/a><br \/> <a href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/funzione-quantile-in-r\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Come utilizzare la funzione quantile() in R<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>In statistica, la normalizzazione quantilica \u00e8 un metodo che rende due distribuzioni identiche in termini di propriet\u00e0 statistiche. 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