{"id":2661,"date":"2023-07-21T07:12:29","date_gmt":"2023-07-21T07:12:29","guid":{"rendered":"https:\/\/statorials.org\/it\/bray-curtis-dissomiglianza-nella-r\/"},"modified":"2023-07-21T07:12:29","modified_gmt":"2023-07-21T07:12:29","slug":"bray-curtis-dissomiglianza-nella-r","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/statorials.org\/it\/bray-curtis-dissomiglianza-nella-r\/","title":{"rendered":"Come calcolare la dissomiglianza di bray-curtis in r"},"content":{"rendered":"<p><\/p>\n<hr>\n<p><span style=\"color: #000000;\"><a href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/dissomiglianza-di-bray-curtis\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">La dissomiglianza di Bray-Curtis<\/a> \u00e8 un modo per misurare la dissomiglianza tra due siti diversi.<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Viene spesso utilizzato in ecologia e biologia per quantificare la differenza tra due siti in termini di specie trovate in tali siti.<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Viene calcolato come segue:<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\"><strong>BC <sub>ij<\/sub> = 1 \u2013 (2*C <sub>ij<\/sub> ) \/ (S <sub>i<\/sub> + S <sub>j<\/sub> )<\/strong><\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Oro:<\/span><\/p>\n<ul>\n<li> <span style=\"color: #000000;\"><strong>C <sub>ij<\/sub> :<\/strong> La somma dei valori pi\u00f9 bassi per le specie rinvenute in ciascun sito.<\/span><\/li>\n<li> <span style=\"color: #000000;\"><strong>S <sub>i<\/sub> :<\/strong> il numero totale di esemplari contati nel sito <em>i<\/em><\/span><\/li>\n<li> <span style=\"color: #000000;\"><strong>S <sub>j<\/sub> :<\/strong> il numero totale di esemplari contati nel sito <em>j<\/em><\/span><\/li>\n<\/ul>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">La dissomiglianza di Bray-Curtis \u00e8 sempre compresa tra 0 e 1 dove:<\/span><\/p>\n<ul>\n<li> <span style=\"color: #000000;\"><strong>0<\/strong> indica che due siti non presentano differenze. In altre parole, condividono esattamente lo stesso numero di ciascun tipo di specie.<\/span><\/li>\n<li> <span style=\"color: #000000;\"><strong>1<\/strong> indica che due siti presentano una completa dissomiglianza. In altre parole, non condividono alcuna specie dello stesso tipo.<\/span><\/li>\n<\/ul>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Ad esempio, supponiamo che un botanico esca e conti il numero di cinque diverse specie di piante (A, B, C, D ed E) in due siti diversi.<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">La tabella seguente riassume i dati raccolti:<\/span> <\/p>\n<p><img decoding=\"async\" loading=\"lazy\" class=\"aligncenter wp-image-15115 \" src=\"https:\/\/statorials.org\/wp-content\/uploads\/2023\/08\/bray_curtis.png\" alt=\"\" width=\"423\" height=\"121\" srcset=\"\" sizes=\"\"><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Utilizzando questi dati, pu\u00f2 calcolare la dissomiglianza di Bray-Curtis come segue:<\/span> <\/p>\n<p><img decoding=\"async\" loading=\"lazy\" class=\"aligncenter wp-image-15116 \" src=\"https:\/\/statorials.org\/wp-content\/uploads\/2023\/08\/bray_curtis2.png\" alt=\"Differenza Bray-Curtis\" width=\"419\" height=\"226\" srcset=\"\" sizes=\"\"><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Integrando questi numeri nella formula di dissomiglianza di Bray-Curtis, otteniamo:<\/span><\/p>\n<ul>\n<li> <span style=\"color: #000000;\">BC <sub>ij<\/sub> = 1 \u2013 (2*C <sub>ij<\/sub> ) \/ (S <sub>i<\/sub> + S <sub>j<\/sub> )<\/span><\/li>\n<li> <span style=\"color: #000000;\">BC <sub>ij<\/sub> = 1 \u2013 (2*15) \/ (21 + 24)<\/span><\/li>\n<li> <span style=\"color: #000000;\">BC <sub>ij<\/sub> = 0,33<\/span><\/li>\n<\/ul>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">La dissomiglianza Bray-Curtis tra questi due siti \u00e8 <strong>0,33<\/strong> .<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">L&#8217;esempio seguente mostra come calcolare la dissomiglianza di Bray-Curtis in R.<\/span><\/p>\n<h3> <span style=\"color: #000000;\"><strong>Esempio: calcolo della dissomiglianza di Bray-Curtis in R<\/strong><\/span><\/h3>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Innanzitutto, creiamo il seguente frame di dati in R per contenere i nostri valori di dati:<\/span><\/p>\n<pre style=\"background-color: #ececec; font-size: 15px;\"> <strong><span style=\"color: #008080;\">#create data frame\n<\/span>df &lt;- data. <span style=\"color: #3366ff;\">frame<\/span> (A=c(4, 3),\n                 B=c(0, 6),\n                 C=c(2, 0),\n                 D=c(7, 4),\n                 E=c(8, 11))\n\n<span style=\"color: #008080;\">#view data frame\n<\/span>df\n\n  A B C D E\n1 4 0 2 7 8\n2 3 6 0 4 11<\/strong><\/pre>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Possiamo usare il seguente codice per calcolare la dissomiglianza di Bray-Curtis tra le due righe nel frame di dati:<\/span><\/p>\n<pre style=\"background-color: #ececec; font-size: 15px;\"> <strong><span style=\"color: #008080;\">#calculate Bray\u2013Curtis dissimilarity\n<\/span>sum( <span style=\"color: #3366ff;\">apply<\/span> (df, 2, <span style=\"color: #3366ff;\">function<\/span> (x) <span style=\"color: #3366ff;\">abs<\/span> ( <span style=\"color: #3366ff;\">max<\/span> (x)- <span style=\"color: #3366ff;\">min<\/span> (x)))) \/ <span style=\"color: #3366ff;\">sum<\/span> ( <span style=\"color: #3366ff;\">rowSums<\/span> (df))\n\n[1] 0.3333333\n<\/strong><\/pre>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Il Bray-Curtis risulta essere diversamente <strong>0,33<\/strong> .<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Questo corrisponde al valore che abbiamo calcolato manualmente in precedenza.<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\"><strong>Nota<\/strong> : questa formula funzioner\u00e0 solo se ciascuna riga nel frame di dati rappresenta un sito separato.<\/span><\/p>\n<h3> <span style=\"color: #000000;\"><strong>Risorse addizionali<\/strong><\/span><\/h3>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">I seguenti tutorial spiegano come calcolare altri parametri di somiglianza in R:<\/span><\/p>\n<p> <a href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/somiglianza-di-jaccard-nel-r\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Come calcolare la somiglianza di Jaccard in R<\/a><br \/> <a href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/somiglianza-del-coseno-r\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Come calcolare la somiglianza del coseno in R<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>La dissomiglianza di Bray-Curtis \u00e8 un modo per misurare la dissomiglianza tra due siti diversi. 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