{"id":4494,"date":"2023-07-10T16:35:21","date_gmt":"2023-07-10T16:35:21","guid":{"rendered":"https:\/\/statorials.org\/it\/mappa-di-calore-r\/"},"modified":"2023-07-10T16:35:21","modified_gmt":"2023-07-10T16:35:21","slug":"mappa-di-calore-r","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/statorials.org\/it\/mappa-di-calore-r\/","title":{"rendered":"Come utilizzare pheatmap() in r per creare mappe di calore"},"content":{"rendered":"<p><\/p>\n<hr>\n<p><span style=\"color: #000000;\">\u00c8 possibile utilizzare la funzione <strong>pheatmap()<\/strong> del pacchetto <strong>pheatmap<\/strong> in R per creare mappe di calore altamente personalizzate.<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">I seguenti esempi mostrano come utilizzare questa funzione nella pratica con il seguente set di dati falso:<\/span><\/p>\n<pre style=\"background-color: #ececec; font-size: 15px;\"> <strong><span style=\"color: #008080;\">#make this example reproducible\n<\/span>set. <span style=\"color: #3366ff;\">seeds<\/span> (1)\n\n<span style=\"color: #008080;\">#create matrix with fake data values\n<\/span>data = matrix(rnorm(100), 20, 5)\ndata[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3\ndata [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2\ndata [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4\n\n<span style=\"color: #008080;\">#add column names and row names\n<\/span>colnames(data) = paste(\" <span style=\"color: #ff0000;\">T<\/span> \", 1:5, sep = \"\")\nrownames(data) = paste(\" <span style=\"color: #ff0000;\">Gene<\/span> \", 1:20, sep=\"\")\n\n<span style=\"color: #008080;\">#view matrx\n<\/span>data\n\n                T1 T2 T3 T4 T5\nGene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331\nGene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821\nGene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087\nGene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433\nGene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946\nGene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950\nGene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100\nGene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816\nGene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019\nGene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099\nGene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480\nGene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868\nGene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403\nGene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214\nGene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833\nGene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486\nGene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408\nGene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735\nGene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387\nGene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599<\/strong><\/pre>\n<h2> <span style=\"color: #000000;\"><strong>Esempio 1: creare una mappa termica di base<\/strong><\/span><\/h2>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Possiamo creare una mappa termica con le impostazioni predefinite nella <strong>mappa termica<\/strong> per visualizzare tutti i valori della matrice:<\/span> <\/p>\n<pre style=\"background-color: #ececec; font-size: 15px;\"> <strong><span style=\"color: #008080;\"><span style=\"color: #000000;\"><span style=\"color: #008000;\">library<\/span> (heatmap)\n\n<span style=\"color: #008080;\">#create basic heatmap<\/span>\npheatmap(data)<\/span><\/span><\/strong> <\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" loading=\"lazy\" class=\"aligncenter wp-image-35122\" src=\"https:\/\/statorials.org\/wp-content\/uploads\/2023\/08\/phheat1.png\" alt=\"esempio di pheatmap in R\" width=\"502\" height=\"503\" srcset=\"\" sizes=\"\"><\/p>\n<h2> <span style=\"color: #000000;\"><strong>Esempio 2: creare una mappa termica con etichette di cella<\/strong><\/span><\/h2>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Possiamo creare utilizzando gli argomenti <strong>display_numbers<\/strong> e <strong>fontsize_number<\/strong> per visualizzare i valori numerici in ciascuna cella della mappa termica con una dimensione del carattere specifica:<\/span> <\/p>\n<pre style=\"background-color: #ececec; font-size: 15px;\"> <strong><span style=\"color: #008080;\"><span style=\"color: #000000;\"><span style=\"color: #008000;\">library<\/span> (heatmap)\n\n<span style=\"color: #008080;\">#create heatmap with numerical labels in cells<\/span>\npheatmap(data, display_numbers= <span style=\"color: #008000;\">TRUE<\/span> , fontsize_number= <span style=\"color: #008000;\">12<\/span> )\n<\/span><\/span><\/strong><\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" loading=\"lazy\" class=\" wp-image-35123 aligncenter\" src=\"https:\/\/statorials.org\/wp-content\/uploads\/2023\/08\/phheat2.png\" alt=\"\" width=\"492\" height=\"481\" srcset=\"\" sizes=\"\"><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\"><strong>Nota<\/strong> : il valore predefinito per <strong>fontsize_number<\/strong> \u00e8 <strong>8<\/strong> .<\/span><\/p>\n<h2> <span style=\"color: #000000;\"><strong>Esempio 3: crea una mappa termica con colori personalizzati<\/strong><\/span><\/h2>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Possiamo anche utilizzare l&#8217;argomento <strong>colorRampPalette<\/strong> per specificare quali colori utilizzare per i valori basso, medio e alto nella mappa termica:<\/span> <\/p>\n<pre style=\"background-color: #ececec; font-size: 15px;\"> <strong><span style=\"color: #008080;\"><span style=\"color: #000000;\"><span style=\"color: #008000;\">library<\/span> (heatmap)\n\n<span style=\"color: #008080;\">#create heatmap with custom colors<\/span>\npheatmap(data, color=colorRampPalette(c(\" <span style=\"color: #ff0000;\">blue<\/span> \", \" <span style=\"color: #ff0000;\">white<\/span> \", \" <span style=\"color: #ff0000;\">red<\/span> \"))(20))<\/span><\/span><\/strong> <\/pre>\n<p><img decoding=\"async\" loading=\"lazy\" class=\" wp-image-35124 aligncenter\" src=\"https:\/\/statorials.org\/wp-content\/uploads\/2023\/08\/phheat3.png\" alt=\"\" width=\"507\" height=\"508\" srcset=\"\" sizes=\"\"><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">I valori bassi vengono ora visualizzati in <strong>blu<\/strong> , i valori medi vengono visualizzati in <strong>bianco<\/strong> e i valori alti vengono visualizzati in <strong>rosso<\/strong> .<\/span><\/p>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">Sentiti libero di specificare i colori con cui desideri creare la tua scala di colori per la tua mappa termica.<\/span><\/p>\n<h2> <span style=\"color: #000000;\"><strong>Risorse addizionali<\/strong><\/span><\/h2>\n<p> <span style=\"color: #000000;\">I seguenti tutorial spiegano come eseguire altre attivit\u00e0 comuni in R:<\/span><\/p>\n<p> <a href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/mappa-termica-di-correlazione-in-r\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Come creare una mappa termica di correlazione in R<\/a><br \/> <a href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/mappa-termica-r-ggplot2\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Come creare una mappa termica in R utilizzando ggplot2<\/a><br \/> <a href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/tracciare-i-dati-categorici-in-r\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener\">Come tracciare i dati categorici in R<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>\u00c8 possibile utilizzare la funzione pheatmap() del pacchetto pheatmap in R per creare mappe di calore altamente personalizzate. I seguenti esempi mostrano come utilizzare questa funzione nella pratica con il seguente set di dati falso: #make this example reproducible set. seeds (1) #create matrix with fake data values data = matrix(rnorm(100), 20, 5) data[1:10, seq(1, [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[11],"tags":[],"yoast_head":"<!-- This site is optimized with the Yoast SEO plugin v21.5 - https:\/\/yoast.com\/wordpress\/plugins\/seo\/ -->\n<title>Come utilizzare pheatmap() in R per creare mappe di calore \u2013 Statorials<\/title>\n<meta name=\"description\" content=\"Questo tutorial spiega come utilizzare la funzione heatmap() in R per creare mappe di calore, con diversi esempi\" \/>\n<meta name=\"robots\" content=\"index, follow, max-snippet:-1, max-image-preview:large, max-video-preview:-1\" \/>\n<link rel=\"canonical\" href=\"https:\/\/statorials.org\/it\/mappa-di-calore-r\/\" \/>\n<meta property=\"og:locale\" content=\"it_IT\" \/>\n<meta property=\"og:type\" content=\"article\" \/>\n<meta property=\"og:title\" content=\"Come utilizzare pheatmap() in R per creare mappe di calore \u2013 Statorials\" \/>\n<meta property=\"og:description\" content=\"Questo tutorial spiega come utilizzare la funzione heatmap() in R per creare mappe di calore, con diversi esempi\" \/>\n<meta property=\"og:url\" content=\"https:\/\/statorials.org\/it\/mappa-di-calore-r\/\" \/>\n<meta property=\"og:site_name\" content=\"Statorials\" \/>\n<meta property=\"article:published_time\" content=\"2023-07-10T16:35:21+00:00\" \/>\n<meta property=\"og:image\" content=\"https:\/\/statorials.org\/wp-content\/uploads\/2023\/08\/phheat1.png\" \/>\n<meta name=\"author\" content=\"Benjamin anderson\" \/>\n<meta name=\"twitter:card\" content=\"summary_large_image\" \/>\n<meta name=\"twitter:label1\" content=\"Written by\" \/>\n\t<meta name=\"twitter:data1\" content=\"Benjamin anderson\" \/>\n\t<meta name=\"twitter:label2\" content=\"Est. reading time\" \/>\n\t<meta name=\"twitter:data2\" content=\"2 minuti\" \/>\n<script type=\"application\/ld+json\" class=\"yoast-schema-graph\">{\"@context\":\"https:\/\/schema.org\",\"@graph\":[{\"@type\":\"WebPage\",\"@id\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/mappa-di-calore-r\/\",\"url\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/mappa-di-calore-r\/\",\"name\":\"Come utilizzare pheatmap() in R per creare mappe di calore \u2013 Statorials\",\"isPartOf\":{\"@id\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/#website\"},\"datePublished\":\"2023-07-10T16:35:21+00:00\",\"dateModified\":\"2023-07-10T16:35:21+00:00\",\"author\":{\"@id\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/#\/schema\/person\/0896f191fb9fb019f2cd8623112cb3ae\"},\"description\":\"Questo tutorial spiega come utilizzare la funzione heatmap() in R per creare mappe di calore, con diversi esempi\",\"breadcrumb\":{\"@id\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/mappa-di-calore-r\/#breadcrumb\"},\"inLanguage\":\"it-IT\",\"potentialAction\":[{\"@type\":\"ReadAction\",\"target\":[\"https:\/\/statorials.org\/it\/mappa-di-calore-r\/\"]}]},{\"@type\":\"BreadcrumbList\",\"@id\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/mappa-di-calore-r\/#breadcrumb\",\"itemListElement\":[{\"@type\":\"ListItem\",\"position\":1,\"name\":\"Casa\",\"item\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/\"},{\"@type\":\"ListItem\",\"position\":2,\"name\":\"Come utilizzare pheatmap() in r per creare mappe di calore\"}]},{\"@type\":\"WebSite\",\"@id\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/#website\",\"url\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/\",\"name\":\"Statorials\",\"description\":\"La tua guida all&#039;alfabetizzazione statistica!\",\"potentialAction\":[{\"@type\":\"SearchAction\",\"target\":{\"@type\":\"EntryPoint\",\"urlTemplate\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/?s={search_term_string}\"},\"query-input\":\"required name=search_term_string\"}],\"inLanguage\":\"it-IT\"},{\"@type\":\"Person\",\"@id\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/#\/schema\/person\/0896f191fb9fb019f2cd8623112cb3ae\",\"name\":\"Benjamin anderson\",\"image\":{\"@type\":\"ImageObject\",\"inLanguage\":\"it-IT\",\"@id\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/#\/schema\/person\/image\/\",\"url\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/wp-content\/uploads\/2023\/10\/Dr.-Benjamin-Anderson-96x96.jpg\",\"contentUrl\":\"https:\/\/statorials.org\/it\/wp-content\/uploads\/2023\/10\/Dr.-Benjamin-Anderson-96x96.jpg\",\"caption\":\"Benjamin anderson\"},\"description\":\"Ciao, sono Benjamin, un professore di statistica in pensione diventato insegnante dedicato di Statorials. 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