R で pheatmap() を使用してヒートマップを作成する方法

R のpheatmapパッケージのpheatmap()関数を使用して、高度にカスタマイズされたヒートマップを作成できます。

次の例は、次の偽のデータセットを使用してこの関数を実際に使用する方法を示しています。

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

例 1: 基本的なヒート マップを作成する

ヒートマップのデフォルト設定でヒートマップを作成し、すべてのマトリックス値を視覚化できます。

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

例 2: セル ラベルを使用してヒート マップを作成する

display_numbersおよびfontsize_number引数を使用して、ヒートマップの各セルの数値を特定のフォント サイズで表示するように作成できます。

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

注: fontsize_numberのデフォルト値は8です。

例 3: カスタム カラーを使用してヒート マップを作成する

colorRampPalette引数を使用して、ヒートマップの低、中、高の値に使用する色を指定することもできます。

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

低い値は青、中程度の値は白、高い値は赤で表示されるようになりました。

希望の色を自由に指定して、ヒート マップ用の独自のカラー スケールを作成します。

追加リソース

次のチュートリアルでは、R で他の一般的なタスクを実行する方法について説明します。

R で相関ヒートマップを作成する方法
ggplot2 を使用して R でヒート マップを作成する方法
R でカテゴリカル データをプロットする方法