R で pheatmap() を使用してヒートマップを作成する方法
R のpheatmapパッケージのpheatmap()関数を使用して、高度にカスタマイズされたヒートマップを作成できます。
次の例は、次の偽のデータセットを使用してこの関数を実際に使用する方法を示しています。
#make this example reproducible set. seeds (1) #create matrix with fake data values data = matrix(rnorm(100), 20, 5) data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3 data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2 data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4 #add column names and row names colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "") rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="") #view matrx data T1 T2 T3 T4 T5 Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331 Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821 Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087 Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433 Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946 Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950 Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100 Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816 Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019 Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099 Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480 Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868 Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403 Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214 Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833 Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486 Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408 Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735 Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387 Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599
例 1: 基本的なヒート マップを作成する
ヒートマップのデフォルト設定でヒートマップを作成し、すべてのマトリックス値を視覚化できます。
library (heatmap)
#create basic heatmap
pheatmap(data)
例 2: セル ラベルを使用してヒート マップを作成する
display_numbersおよびfontsize_number引数を使用して、ヒートマップの各セルの数値を特定のフォント サイズで表示するように作成できます。
library (heatmap)
#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )
注: fontsize_numberのデフォルト値は8です。
例 3: カスタム カラーを使用してヒート マップを作成する
colorRampPalette引数を使用して、ヒートマップの低、中、高の値に使用する色を指定することもできます。
library (heatmap)
#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20))
低い値は青、中程度の値は白、高い値は赤で表示されるようになりました。
希望の色を自由に指定して、ヒート マップ用の独自のカラー スケールを作成します。
追加リソース
次のチュートリアルでは、R で他の一般的なタスクを実行する方法について説明します。
R で相関ヒートマップを作成する方法
ggplot2 を使用して R でヒート マップを作成する方法
R でカテゴリカル データをプロットする方法