R에서 산림 플롯을 만드는 방법

포리스트 플롯 (“블로보그램”이라고도 함)은 메타 분석에서 단일 플롯에서 여러 연구 결과를 시각화하는 데 사용됩니다.

차

이러한 유형의 플롯은 여러 연구의 결과를 동시에 볼 수 있는 편리한 방법을 제공합니다.

다음 예에서는 R에서 산림 도표를 생성하는 방법을 보여줍니다.

예: R의 산림 플롯

R에서 포레스트 플롯을 만들려면 먼저 효과 크기(또는 관심 있는 다른 값)와 각 연구에 대한 상한 및 하한 신뢰 구간을 포함하는 데이터 프레임을 만들어야 합니다.

 #create data
df <- data. frame (study=c('S1', 'S2', 'S3', 'S4', 'S5', 'S6', 'S7'),
                 index=1:7,
                 effect=c(-.4, -.25, -.1, .1, .15, .2, .3),
                 lower=c(-.43, -.29, -.17, -.02, .04, .17, .27),
                 upper=c(-.37, -.21, -.03, .22, .24, .23, .33))

#view data
head(df)

  study index effect lower upper
1 S1 1 -0.40 -0.43 -0.37
2 S2 2 -0.25 -0.29 -0.21
3 S3 3 -0.10 -0.17 -0.03
4 S4 4 0.10 -0.02 0.22
5 S5 5 0.15 0.04 0.24
6 S6 6 0.20 0.17 0.23
7 S7 7 0.30 0.27 0.33

다음으로 ggplot2 데이터 시각화 패키지의 기능을 사용하여 다음 포리스트 플롯을 만들 수 있습니다.

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(name = "", breaks=1: nrow (df), labels=df$study) 

x축은 각 연구의 효과 크기를 표시하고 y축은 각 연구의 이름을 표시합니다.

그래프의 점은 각 연구의 효과 크기를 표시하고 오차 막대는 신뢰 구간의 한계를 표시합니다.

차트를 더 보기 좋게 만들기 위해 제목을 추가하고, 축 레이블을 변경하고, 효과 크기가 0인 수직선을 추가할 수도 있습니다.

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_minimal() 

플롯의 테마를 자유롭게 변경하여 원하는 방식으로 보이도록 하세요. 예를 들어, 훨씬 더 고전적인 모양을 위해 theme_classic()을 사용할 수도 있습니다.

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_classic() 

추가 리소스

Excel에서 산림 플롯을 만드는 방법
최고의 ggplot2 테마에 대한 완벽한 가이드