R에서 pheatmap()을 사용하여 히트맵을 만드는 방법

R에서 pheatmap 패키지의 pheatmap() 기능을 사용하여 고도로 맞춤화된 히트맵을 만들 수 있습니다.

다음 예에서는 다음과 같은 가짜 데이터세트에서 실제로 이 함수를 사용하는 방법을 보여줍니다.

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

예 1: 기본 히트맵 생성

히트맵 의 기본 설정으로 히트맵을 생성하여 모든 행렬 값을 시각화할 수 있습니다.

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

예 2: 셀 레이블이 있는 열 지도 만들기

특정 글꼴 크기로 히트맵의 각 셀에 숫자 값을 표시하기 위해 display_numbers 및 fontsize_number 인수를 사용하여 생성할 수 있습니다.

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

참고 : 글꼴 크기_번호 의 기본값은 8 입니다.

예 3: 사용자 정의 색상으로 히트맵 생성

colorRampPalette 인수를 사용하여 히트맵의 낮음, 중간, 높음 값에 사용할 색상을 지정할 수도 있습니다.

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

이제 낮은 값은 파란색 으로, 중간 값은 흰색 으로, 높은 값은 빨간색 으로 표시됩니다.

히트 맵에 대한 자신만의 색상 눈금을 만들려는 색상을 자유롭게 지정하세요.

추가 리소스

다음 튜토리얼에서는 R에서 다른 일반적인 작업을 수행하는 방법을 설명합니다.

R에서 상관관계 히트맵을 만드는 방법
ggplot2를 사용하여 R에서 히트 맵을 만드는 방법
R에서 범주형 데이터를 그리는 방법