R တွင် bland-altman plot တစ်ခုဖန်တီးနည်း (တစ်ဆင့်ပြီးတစ်ဆင့်)

Bland-Altman ဇာတ်ကွက်ကို မတူညီသော တူရိယာနှစ်ခု သို့မဟုတ် မတူညီသော တိုင်းတာမှုနည်းပညာနှစ်ခုကြားတွင် တိုင်းတာမှုကွာခြားချက်များကို မြင်သာစေရန် အသုံးပြုသည်။

တူညီသော သဘောတရားကို တိုင်းတာရာတွင် တူညီသော တူရိယာ နှစ်ခု သို့မဟုတ် နည်းစနစ်များ မည်ကဲ့သို့ ဆင်တူသည်ကို ဆုံးဖြတ်ရန်အတွက် အသုံးဝင်သည်။

ဤသင်ခန်းစာသည် R တွင် Bland-Altman ဇာတ်ကွက်ဖန်တီးနည်း အဆင့်ဆင့် ဥပမာကို ပေးသည်။

အဆင့် 1: ဒေတာကိုဖန်တီးပါ။

ဇီဝဗေဒပညာရှင်တစ်ဦးသည် မတူညီသောတူရိယာနှစ်ခု (A နှင့် B) ကိုအသုံးပြု၍ တူညီသောဖား 20 ကောင်၏အလေးချိန်ကို ဂရမ်ဖြင့်တိုင်းတာမည်ဆိုပါစို့။

တူရိယာတစ်ခုစီတိုင်းတိုင်းတာသည့်အတိုင်း ဖားတစ်ခုစီ၏အလေးချိန်ကိုကိုယ်စားပြုသည့် R တွင်အောက်ပါဒေတာဘောင်ကို ဖန်တီးပါမည်။

 #create data
df <- data. frame (A=c(5, 5, 5, 6, 6, 7, 7, 7, 8, 8, 9,
                     10, 11, 13, 14, 14, 15, 18, 22, 25),
                 B=c(4, 4, 5, 5, 5, 7, 8, 6, 9, 7, 7, 11,
                     13, 13, 12, 13, 14, 19, 19, 24))

#view first six rows of data
head(df)

  AB
1 5 4
2 5 4
3 5 5
4 6 5
5 6 5
6 7 7

အဆင့် 2- တိုင်းတာမှု ကွာခြားချက်ကို တွက်ချက်ပါ။

ထို့နောက်၊ ဖားတစ်ခုစီ၏ ပျမ်းမျှတိုင်းတာမှုအပြင် တိုင်းတာမှုကွာခြားချက်ပါရှိသော ဒေတာဘောင်တွင် ကော်လံအသစ်နှစ်ခုကို ဖန်တီးပါမည်။

 #create new column for average measurement
df$avg <- rowMeans(df) 

#create new column for difference in measurements
df$diff <- df$A - df$B

#view first six rows of data
head(df)

  AB avg diff
1 5 4 4.5 1
2 5 4 4.5 1
3 5 5 5.0 0
4 6 5 5.5 1
5 6 5 5.5 1
6 7 7 7.0 0

အဆင့် 3- ပျမ်းမျှကွာခြားချက်နှင့် ယုံကြည်မှုကြားကာလကို တွက်ချက်ပါ။

ထို့နောက်၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ပျမ်းမျှကွာခြားချက်အတွက် 95% ယုံကြည်မှုကြားကာလ၏ အထက်နှင့်အောက် ကန့်သတ်ချက်များကို တိုင်းတာမှုနှစ်ခုကြားရှိ ပျမ်းမျှကွာခြားချက်ကို တွက်ချက်ပါမည်-

 #find average difference
mean_diff <- mean(df$diff)

mean_diff

[1] 0.5

#find lower 95% confidence interval limits
lower <- mean_diff - 1.96*sd(df$diff)

lower

[1] -1.921465

#find upper 95% confidence interval limits
upper <- mean_diff + 1.96*sd(df$diff)

upper

[1] 2.921465

ပျမ်းမျှခြားနားချက်သည် 0.5 ဖြစ်လာပြီး ပျမ်းမျှကွာခြားချက်အတွက် 95% ယုံကြည်မှုကြားကာလမှာ [-1.921၊ 2.921] ဖြစ်သည်။

အဆင့် 4- Bland-Altman Plot ကိုဖန်တီးပါ။

ထို့နောက်၊ ggplot2 data visualization package ကိုအသုံးပြု၍ Bland-Altman ကြံစည်မှုဖန်တီးရန် အောက်ပါကုဒ်ကို အသုံးပြုပါမည်။

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create Bland-Altman plot
ggplot(df, aes (x = avg, y = diff)) +
  geom_point(size=2) +
  geom_hline(yintercept = mean_diff) +
  geom_hline(yintercept = lower, color = " red ", linetype=" dashed ") +
  geom_hline(yintercept = upper, color = " red ", linetype=" dashed ") +
  ggtitle(" Bland-Altman Plot ") +
  ylab(" Difference Between Measurements ") +
  xlab(" Average Measurement ") 

ကွက်၏ x-axis သည် တူရိယာနှစ်ခု၏ ပျမ်းမျှတိုင်းတာမှုကို ပြသပြီး y-axis သည် တူရိယာနှစ်ခုကြားရှိ တိုင်းတာမှုကွာခြားချက်ကို ပြသသည်။

အနက်ရောင်မျဉ်းသည် တူရိယာနှစ်ခုကြားရှိ တိုင်းတာမှုဆိုင်ရာ ပျမ်းမျှကွာခြားချက်ကို ကိုယ်စားပြုပြီး အနီရောင်အစက်နှစ်ကြောင်းသည် ပျမ်းမျှကွာခြားမှုအတွက် 95% ယုံကြည်မှုကြားကာလ၏ ကန့်သတ်ချက်များကို ကိုယ်စားပြုသည်။