အပူမြေပုံဖန်တီးရန် r တွင် phetmap() ကိုအသုံးပြုနည်း

စိတ်ကြိုက်အပူမြေပုံများဖန်တီးရန် R ရှိ phatmap ပက်ကေ့ခ်ျ၏ phheatmap() လုပ်ဆောင်ချက်ကို သင်အသုံးပြုနိုင်ပါသည်။

အောက်ဖော်ပြပါ ဥပမာများသည် အောက်ပါဒေတာအတွဲအတုဖြင့် ဤလုပ်ဆောင်ချက်ကို လက်တွေ့အသုံးချနည်းကို ပြသသည်-

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

ဥပမာ 1- အခြေခံအပူမြေပုံဖန်တီးပါ။

မက်ထရစ်တန်ဖိုးအားလုံးကို မြင်သာစေရန် အပူမြေပုံ တွင် မူရင်းဆက်တင်များဖြင့် အပူမြေပုံတစ်ခု ဖန်တီးနိုင်သည်-

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

ဥပမာ 2- ဆဲလ်အညွှန်းများဖြင့် အပူမြေပုံဖန်တီးပါ။

တိကျသောဖောင့်အရွယ်အစားဖြင့် အပူမြေပုံ၏ဆဲလ်တစ်ခုစီရှိ ကိန်းဂဏာန်းတန်ဖိုးများကိုပြသရန် display_numbers နှင့် fontsize_number အငြင်းအခုံများကို အသုံးပြု၍ ဖန်တီးနိုင်သည်-

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

မှတ်ချက် – fontsize_number အတွက် မူရင်းတန်ဖိုးမှာ 8 ဖြစ်သည်။

ဥပမာ 3- စိတ်ကြိုက်အရောင်များဖြင့် အပူမြေပုံဖန်တီးပါ။

အပူမြေပုံရှိ အနိမ့်၊ အလတ်နှင့် အမြင့်တန်ဖိုးများအတွက် မည်သည့်အရောင်များကို အသုံးပြုရမည်ကို သတ်မှတ်ရန် colorRampPalette အငြင်းအခုံကို အသုံးပြုနိုင်သည်။

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

အနိမ့်တန်ဖိုးများကို အပြာရောင် ဖြင့် ပြသထားပြီး၊ အလယ်အလတ်တန်ဖိုးများကို အဖြူရောင် ဖြင့် ပြသထားပြီး မြင့်မားသောတန်ဖိုးများကို အနီရောင် ဖြင့် ပြသထားသည်။

သင့်အပူမြေပုံအတွက် သင့်ကိုယ်ပိုင်အရောင်စကေးကို ဖန်တီးလိုသည့်အရောင်များကို လွတ်လပ်စွာသတ်မှတ်ပါ။

ထပ်လောင်းအရင်းအမြစ်များ

အောက်ဖော်ပြပါ သင်ခန်းစာများသည် R တွင် အခြားဘုံအလုပ်များကို မည်သို့လုပ်ဆောင်ရမည်ကို ရှင်းပြသည်-

R တွင် Correlation Heatmap ဖန်တီးနည်း
ggplot2 ကို အသုံးပြု၍ R တွင် အပူမြေပုံဖန်တီးနည်း
R တွင် categorical data ကို ဘယ်လိုဆွဲမလဲ။