Een correlatie-heatmap maken in r (met voorbeeld)

U kunt de volgende basissyntaxis gebruiken om een correlatie-heatmap in R te maken:

 #calculate correlation between each pairwise combination of variables
cor_df <- round(cor(df), 2)

#melt the data frame
melted_cormat <- melt(cor_df)

#create correlation heatmap
ggplot(data = melted_cormat, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + 
  geom_tile() +
  geom_text(aes(Var2, Var1, label = value), size = 5 ) +
  scale_fill_gradient2(low = " blue ", high = " red ",
                       limit = c(-1,1), name=" Correlation ") +
  theme(axis. title . x = element_blank(),
        axis. title . y = element_blank(),
        panel. background = element_blank())

Het volgende voorbeeld laat zien hoe u deze syntaxis in de praktijk kunt gebruiken.

Voorbeeld: maak een correlatie-heatmap in R

Stel dat we het volgende dataframe in R hebben dat verschillende statistieken toont voor acht verschillende basketbalspelers:

 #create data frame
df <- data. frame (points=c(22, 25, 30, 16, 14, 18, 29, 22),
                 assists=c(4, 4, 5, 7, 8, 6, 7, 12),
                 rebounds=c(10, 7, 7, 6, 8, 5, 4, 3),
                 blocks=c(12, 4, 4, 6, 5, 3, 8, 5))

#view data frame
df

  points assists rebounds blocks
1 22 4 10 12
2 25 4 7 4
3 30 5 7 4
4 16 7 6 6
5 14 8 8 5
6 18 6 5 3
7 29 7 4 8
8 22 12 3 5

Stel dat we een correlatie-heatmap willen maken om decorrelatiecoëfficiënt tussen elke paarsgewijze combinatie van variabelen in het dataframe te visualiseren.

Voordat we de correlatie-heatmap maken, moeten we eerst de correlatiecoëfficiënt tussen elke variabele berekenen met behulp van cor() en vervolgens de resultaten transformeren in een bruikbaar formaat met behulp van de melt()- functie reshape2 van het pakket:

 library (reshape2)

#calculate correlation coefficients, rounded to 2 decimal places
cor_df <- round(cor(df), 2)

#melt the data frame
melted_cor <- melt(cor_df)

#view head of melted data frame
head(melted_cor)

      Var1 Var2 value
1 points points 1.00
2 assist points -0.27
3 rebound points -0.16
4 block points 0.10
5 assist points -0.27
6 assists assists 1.00

Vervolgens kunnen we de functie geom_tile() uit het ggplot2- pakket gebruiken om een correlatie-heatmap te maken:

 library (ggplot2)

#create correlation heatmap
ggplot(data = melted_cor, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + 
  geom_tile() +
  geom_text(aes(Var2, Var1, label = value), size = 5 ) +
  scale_fill_gradient2(low = " blue ", high = " red ",
                       limit = c(-1,1), name=" Correlation ") +
  theme(axis. title . x = element_blank(),
        axis. title . y = element_blank(),
        panel. background = element_blank()) 

Het resultaat is een correlatie-heatmap waarmee we de correlatiecoëfficiënt tussen elke paarsgewijze combinatie van variabelen kunnen visualiseren.

In deze specifieke hittekaart krijgen de correlatiecoëfficiënten de volgende kleuren:

• Blauw als ze gesloten zijn tot -1
• Wit als ze gesloten zijn naar 0
• Rood als ze dichtbij 1 zijn

Voel je vrij om de gewenste kleuren te gebruiken voor de lage en hoge argumenten in de scale_fill_gradient2() functie.

U kunt bijvoorbeeld ‚rood‘ gebruiken voor een lage waarde en ‚groen‘ voor een hoge waarde:

 library (ggplot2)

#create correlation heatmap
ggplot(data = melted_cor, aes(x=Var1, y=Var2, fill=value)) + 
  geom_tile() +
  geom_text(aes(Var2, Var1, label = value), size = 5 ) +
  scale_fill_gradient2(low = " red ", high = " green ",
                       limit = c(-1,1), name=" Correlation ") +
  theme(axis. title . x = element_blank(),
        axis. title . y = element_blank(),
        panel. background = element_blank()) 

Opmerking : u kunt ook hexadecimale kleurcodes opgeven die u wilt gebruiken als u nog meer controle wilt over de exacte kleuren in de correlatie-hittekaart.

Aanvullende bronnen

In de volgende tutorials wordt uitgelegd hoe u andere veelvoorkomende taken in ggplot2 kunt uitvoeren:

Hoe aslabels te roteren in ggplot2
Hoe aseinden in ggplot2 in te stellen
Hoe aslimieten in ggplot2 in te stellen
Hoe legendalabels in ggplot2 te veranderen