Hoe fisher's exacte test uit te voeren in r

Fisher’s exact test wordt gebruikt om te bepalen of er al dan niet een significant verband bestaat tussen twee categorische variabelen.

Het wordt over het algemeen gebruikt als alternatief voor de chikwadraattest van onafhankelijkheid wanneer een of meer celaantallen in een 2 × 2-tabel kleiner zijn dan 5.

De Fisher-exacttest gebruikt de volgende nul- en alternatieve hypothesen:

• H ₀ : (nulhypothese) De twee variabelen zijn onafhankelijk.
• H _A : (alternatieve hypothese) De twee variabelen zijn niet onafhankelijk.

In het volgende voorbeeld ziet u hoe u de Fisher-exact-test uitvoert in R.

Voorbeeld: Fisher’s exact-test in R

Om de exacte test van Fisher in R uit te voeren, hebt u eenvoudigweg een gegevensset van 2 × 2 nodig.

Laten we bijvoorbeeld een 2×2-gegevensset genereren die we als voorbeeld kunnen gebruiken:

 #create 2x2 dataset
data = matrix(c(2,5,9,4), nrow = 2 )

#view dataset
data
#2 9
#5 4

Om de exacte test van Fisher uit te voeren, gebruiken we eenvoudigweg de volgende code:

 fisher. test (data)

Dit levert het volgende resultaat op:

In de exacte test van Fisher is de nulhypothese dat de twee kolommen onafhankelijk zijn (of, op equivalente wijze, dat de odds ratio gelijk is aan 1).

Om te bepalen of de twee kolommen onafhankelijk zijn, kunnen we naar de p-waarde van de test kijken.

In dit geval is de p-waarde 0,1597 , wat ons vertelt dat we niet genoeg bewijs hebben om de nulhypothese te verwerpen.

We kunnen daarom niet zeggen dat er een statistisch significant verschil bestaat tussen de twee kolommen.

Merk op dat de oddsratio 0,1957871 is. Omdat de p-waarde van de test 0,1597 is, vertelt dit ons dat de odds ratio niet significant verschilt van 1.

Het testresultaat geeft ons ook een betrouwbaarheidsinterval van 95% voor de odds ratio, namelijk:

95% betrouwbaarheidsinterval voor oddsratio: (0,0130943, 1,8397543)

Omdat het getal 1 in deze verhouding staat, bevestigt dit dat de odds ratio niet significant verschilt van 1 (ervan uitgaande dat we het alfaniveau van 0,05 gebruiken).

Aanvullende bronnen

De volgende tutorials bieden aanvullende informatie over de Fisher Exact-test:

Een inleiding tot de exacte test van Fisher
Fisher’s Exact Test online rekenmachine
Nauwkeurige Fisher-testresultaten rapporteren