Hoe pheatmap() in r te gebruiken om heatmaps te maken

U kunt de functie pheatmap() van het pheatmap- pakket in R gebruiken om zeer aangepaste heatmaps te maken.

De volgende voorbeelden laten zien hoe u deze functie in de praktijk kunt gebruiken met de volgende nep-dataset:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

Voorbeeld 1: Maak een basishittekaart

We kunnen een heatmap maken met de standaardinstellingen in heatmap om alle matrixwaarden te visualiseren:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

Voorbeeld 2: Maak een heatmap met cellabels

We kunnen de argumenten display_numbers en fontsize_number gebruiken om de numerieke waarden in elke cel van de heatmap weer te geven met een specifieke lettergrootte:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

Opmerking : de standaardwaarde voor lettertypegrootte_nummer is 8 .

Voorbeeld 3: Maak een heatmap met aangepaste kleuren

We kunnen ook het colorRampPalette- argument gebruiken om op te geven welke kleuren moeten worden gebruikt voor lage, gemiddelde en hoge waarden in de heatmap:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

Lage waarden worden nu in het blauw weergegeven, gemiddelde waarden worden in het wit weergegeven en hoge waarden worden in het rood weergegeven.

Geef gerust de kleuren op waarin u uw eigen kleurenschaal voor uw heatmap wilt maken.

Aanvullende bronnen

In de volgende tutorials wordt uitgelegd hoe u andere veelvoorkomende taken in R kunt uitvoeren:

Hoe u een correlatie-heatmap maakt in R
Hoe je een heatmap in R maakt met ggplot2
Hoe categorische gegevens in R te plotten