Jak utworzyć fabułę blanda-altmana w pythonie

Wykres Blanda-Altmana służy do wizualizacji różnic pomiarowych między dwoma różnymi instrumentami lub dwiema różnymi technikami pomiarowymi.

Jest to przydatne do określenia, jak podobne są dwa instrumenty lub techniki w pomiarze tego samego pojęcia.

W tym samouczku przedstawiono krok po kroku przykład tworzenia wykresu Blanda-Altmana w języku Python.

Krok 1: Utwórz dane

Załóżmy, że biolog używa dwóch różnych przyrządów (A i B) do pomiaru masy tego samego zestawu 20 różnych żab w gramach.

Stworzymy następującą ramkę danych przedstawiającą wagę każdej żaby zmierzoną przez każdy instrument:

 import pandas as pd

df = pd. DataFrame ({' A ': [5, 5, 5, 6, 6, 7, 7, 7, 8, 8, 9,
                         10, 11, 13, 14, 14, 15, 18, 22, 25],
                   ' B ': [4, 4, 5, 5, 5, 7, 8, 6, 9, 7, 7, 11,
                         13, 13, 12, 13, 14, 19, 19, 24]})

Krok 2: Utwórz wykres Blanda-Altmana

Następnie użyjemy funkcji Mean_diff_plot() z pakietu statsmodels, aby utworzyć wykres Blanda-Altmana:

 import statsmodels. api as sm
import matplotlib. pyplot as plt

#create Bland-Altman plot                  
f, ax = plt. subplots (1,figsize=(8,5))
sm. graphics . mean_diff_plot (df.A, df.B, ax = ax)

#display Bland-Altman plot
plt. show () 

Oś x wykresu przedstawia średni pomiar dokonany przez dwa instrumenty, a oś y przedstawia różnicę w pomiarach pomiędzy dwoma instrumentami.

Czarna linia ciągła przedstawia średnią różnicę pomiarów między dwoma instrumentami, podczas gdy dwie linie przerywane przedstawiają granice 95% przedziału ufności dla średniej różnicy.

Okazuje się, że średnia różnica wynosi 0,5 , a 95% przedział ufności dla średniej różnicy wynosi [-1,86; 2,86] .