Jak stworzyć działkę leśną w r

Wykres leśny (czasami nazywany „blobbogramem”) jest wykorzystywany w metaanalizie w celu wizualizacji wyników wielu badań na jednym poletku.

Herbata

Ten typ wykresu zapewnia wygodny sposób przeglądania wyników wielu badań jednocześnie.

Poniższy przykład pokazuje jak utworzyć działkę leśną w R.

Przykład: działka leśna w R

Aby utworzyć wykres lasu w R, musimy najpierw utworzyć ramkę danych zawierającą wielkość efektu (lub inną interesującą wartość) oraz górny i dolny przedział ufności dla każdego badania:

 #create data
df <- data. frame (study=c('S1', 'S2', 'S3', 'S4', 'S5', 'S6', 'S7'),
                 index=1:7,
                 effect=c(-.4, -.25, -.1, .1, .15, .2, .3),
                 lower=c(-.43, -.29, -.17, -.02, .04, .17, .27),
                 upper=c(-.37, -.21, -.03, .22, .24, .23, .33))

#view data
head(df)

  study index effect lower upper
1 S1 1 -0.40 -0.43 -0.37
2 S2 2 -0.25 -0.29 -0.21
3 S3 3 -0.10 -0.17 -0.03
4 S4 4 0.10 -0.02 0.22
5 S5 5 0.15 0.04 0.24
6 S6 6 0.20 0.17 0.23
7 S7 7 0.30 0.27 0.33

Następnie możemy wykorzystać funkcje pakietu wizualizacji danych ggplot2 do stworzenia następującej działki leśnej:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(name = "", breaks=1: nrow (df), labels=df$study) 

Oś x przedstawia wielkość efektu dla każdego badania, a oś y wyświetla nazwę każdego badania.

Punkty na wykresie przedstawiają wielkość efektu dla każdego badania, a słupki błędów pokazują granice przedziału ufności.

Pamiętaj, że możemy również dodać tytuł, zmienić etykiety osi i dodać pionową linię z zerowym rozmiarem efektu, aby wykres wyglądał lepiej:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_minimal() 

Możesz zmienić motyw fabuły, aby wyglądał tak, jak chcesz. Na przykład moglibyśmy również użyć motywu_klasycznego(), aby uzyskać jeszcze bardziej klasyczny wygląd:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_classic() 

Dodatkowe zasoby

Jak utworzyć działkę leśną w programie Excel
Kompletny przewodnik po najlepszych motywach ggplot2