Jak naprawić: błąd w do_one(nmeth): na/nan/inf w wywołaniu funkcji obcej (arg 1)

Błąd, który możesz napotkać w R to:

 Error in do_one(nmeth): NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)

Ten błąd występuje, gdy próbujesz wykonać grupowanie k-średnich w R , ale używana ramka danych zawiera co najmniej jeden brak danych.

W tym samouczku dokładnie wyjaśniono, jak naprawić ten błąd.

Jak odtworzyć błąd

Załóżmy, że mamy następującą ramkę danych w R z brakującą wartością w drugim wierszu:

 #create data frame
df <- data. frame (var1=c(2, 4, 4, 6, 7, 8, 8, 9, 9, 12),
                 var2=c(12, 14, 14, 8, 8, 15, 16, 9, 9, 11),
                 var3=c(22, NA, 23, 24, 28, 23, 19, 16, 12, 15))

row. names (df) <- LETTERS[1:10]

#view data frame
df

  var1 var2 var3
At 2 12 22
B 4 14 NA
C 4 14 23
D 6 8 24
E 7 8 28
F 8 15 23
G 8 16 19
H 9 9 16
I 9 9 12
D 12 11 15

Jeśli spróbujemy użyć funkcji kmeans() do przeprowadzenia grupowania k-średnich na tej ramce danych, otrzymamy błąd:

 #attempt to perform k-means clustering with k = 3 clusters
km <- kmeans(df, centers = 3 )

Error in do_one(nmeth): NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)

Jak naprawić błąd

Najłatwiejszym sposobem naprawienia tego błędu jest po prostu użycie funkcji na.omit() w celu usunięcia z ramki danych wierszy z brakującymi wartościami:

 #remove rows with NA values
df <- na. omitted (df)

#perform k-means clustering with k = 3 clusters
km <- kmeans(df, centers = 3)

#view results
km

K-means clustering with 3 clusters of sizes 4, 3, 2

Cluster means:
  var1 var2 var3
1 5.5 14.250000 21.75000
2 10.0 9.666667 14.33333
3 6.5 8.000000 26.00000

Vector clustering:
ACDEFGHIJ
1 1 3 3 1 1 2 2 2 

Within cluster sum of squares by cluster:
[1] 46.50000 17.33333 8.50000
 (between_SS / total_SS = 79.5%)

Available components:

[1] "cluster" "centers" "totss" "withinss" "tot.withinss"
[6] "betweenss" "size" "iter" "ifault"

Należy pamiętać, że algorytm grupowania k-średnich działa pomyślnie po usunięciu z ramki danych wierszy z brakującymi wartościami.

Bonus: Kompletny przewodnik krok po kroku dotyczący grupowania k-średnich w języku R

Dodatkowe zasoby

Jak naprawić w R: NA wprowadzone przez przymus
Jak naprawić w R: indeks poza zakresem
Jak naprawić w R: długość dłuższego obiektu nie jest wielokrotnością długości krótszego obiektu