Jak używać pheatmap() w r do tworzenia map cieplnych

Możesz użyć funkcji pheatmap() pakietu pheatmap w R, aby stworzyć wysoce spersonalizowane mapy cieplne.

Poniższe przykłady pokazują, jak w praktyce wykorzystać tę funkcję z następującym fałszywym zbiorem danych:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

Przykład 1: Utwórz podstawową mapę cieplną

Możemy utworzyć mapę cieplną z domyślnymi ustawieniami w mapie cieplnej , aby zwizualizować wszystkie wartości macierzy:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

Przykład 2: Utwórz mapę cieplną z etykietami komórek

Możemy stworzyć za pomocą argumentów display_numbers i Fontsize_number , aby wyświetlić wartości liczbowe w każdej komórce mapy cieplnej z określonym rozmiarem czcionki:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

Uwaga : Domyślna wartość parametru numer_rozmiaru czcionki to 8 .

Przykład 3: Utwórz mapę cieplną z niestandardowymi kolorami

Możemy również użyć argumentu colorRampPalette , aby określić, jakich kolorów użyć dla niskich, średnich i wysokich wartości w mapie cieplnej:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

Niskie wartości są teraz wyświetlane na niebiesko , średnie wartości są wyświetlane na biało , a wysokie wartości są wyświetlane na czerwono .

Możesz dowolnie określić kolory, które chcesz stworzyć własną skalę kolorów dla mapy cieplnej.

Dodatkowe zasoby

Poniższe samouczki wyjaśniają, jak wykonywać inne typowe zadania w języku R:

Jak utworzyć mapę cieplną korelacji w R
Jak utworzyć mapę cieplną w R za pomocą ggplot2
Jak wykreślić dane kategoryczne w R