Como criar um gráfico bland-altman em python

Um gráfico de Bland-Altman é usado para visualizar diferenças de medição entre dois instrumentos diferentes ou duas técnicas de medição diferentes.

É útil para determinar quão semelhantes são dois instrumentos ou técnicas na medição do mesmo conceito.

Este tutorial fornece um exemplo passo a passo de como criar um gráfico de Bland-Altman em Python.

Etapa 1: crie os dados

Suponha que um biólogo utilize dois instrumentos diferentes (A e B) para medir o peso do mesmo conjunto de 20 sapos diferentes, em gramas.

Criaremos o seguinte quadro de dados que representa o peso de cada sapo, medido por cada instrumento:

 import pandas as pd

df = pd. DataFrame ({' A ': [5, 5, 5, 6, 6, 7, 7, 7, 8, 8, 9,
                         10, 11, 13, 14, 14, 15, 18, 22, 25],
                   ' B ': [4, 4, 5, 5, 5, 7, 8, 6, 9, 7, 7, 11,
                         13, 13, 12, 13, 14, 19, 19, 24]})

Etapa 2: crie o gráfico de Bland-Altman

A seguir, usaremos a função Mean_diff_plot() do pacote statsmodels para criar um gráfico de Bland-Altman:

 import statsmodels. api as sm
import matplotlib. pyplot as plt

#create Bland-Altman plot                  
f, ax = plt. subplots (1,figsize=(8,5))
sm. graphics . mean_diff_plot (df.A, df.B, ax = ax)

#display Bland-Altman plot
plt. show () 

O eixo x do gráfico exibe a medição média dos dois instrumentos e o eixo y exibe a diferença nas medições entre os dois instrumentos.

A linha preta sólida representa a diferença média nas medições entre os dois instrumentos, enquanto as duas linhas pontilhadas representam os limites do intervalo de confiança de 95% para a diferença média.

A diferença média acaba sendo 0,5 e o intervalo de confiança de 95% para a diferença média é [-1,86, 2,86] .