Como usar pheatmap() em r para criar mapas de calor

Você pode usar a função pheatmap() do pacote pheatmap em R para criar mapas de calor altamente personalizados.

Os exemplos a seguir mostram como usar esta função na prática com o seguinte conjunto de dados falso:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

Exemplo 1: Crie um mapa de calor básico

Podemos criar um mapa de calor com as configurações padrão no mapa de calor para visualizar todos os valores da matriz:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

Exemplo 2: Crie um mapa de calor com rótulos de células

Podemos criar usando os argumentos display_numbers e fontsize_number para exibir os valores numéricos em cada célula do mapa de calor com um tamanho de fonte específico:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

Nota : O valor padrão para fontsize_number é 8 .

Exemplo 3: Crie um mapa de calor com cores personalizadas

Também podemos usar o argumento colorRampPalette para especificar quais cores usar para valores baixos, médios e altos no mapa de calor:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

Os valores baixos agora são exibidos em azul , os valores médios são exibidos em branco e os valores altos são exibidos em vermelho .

Sinta-se à vontade para especificar as cores que deseja criar sua própria escala de cores para seu mapa de calor.

Recursos adicionais

Os tutoriais a seguir explicam como realizar outras tarefas comuns em R:

Como criar um mapa de calor de correlação em R
Como criar um mapa de calor em R usando ggplot2
Como plotar dados categóricos em R