Como criar um terreno florestal em r

Um gráfico florestal (às vezes chamado de “blobbograma”) é usado em uma meta-análise para visualizar os resultados de vários estudos em um único gráfico.

Chá

Este tipo de gráfico fornece uma maneira conveniente de visualizar os resultados de vários estudos ao mesmo tempo.

O exemplo a seguir mostra como criar um gráfico de floresta em R.

Exemplo: gráfico de floresta em R

Para criar um gráfico de floresta em R, primeiro precisamos criar um quadro de dados contendo o tamanho do efeito (ou outro valor de interesse) e os intervalos de confiança superior e inferior para cada estudo:

 #create data
df <- data. frame (study=c('S1', 'S2', 'S3', 'S4', 'S5', 'S6', 'S7'),
                 index=1:7,
                 effect=c(-.4, -.25, -.1, .1, .15, .2, .3),
                 lower=c(-.43, -.29, -.17, -.02, .04, .17, .27),
                 upper=c(-.37, -.21, -.03, .22, .24, .23, .33))

#view data
head(df)

  study index effect lower upper
1 S1 1 -0.40 -0.43 -0.37
2 S2 2 -0.25 -0.29 -0.21
3 S3 3 -0.10 -0.17 -0.03
4 S4 4 0.10 -0.02 0.22
5 S5 5 0.15 0.04 0.24
6 S6 6 0.20 0.17 0.23
7 S7 7 0.30 0.27 0.33

A seguir, podemos usar as funções do pacote de visualização de dados ggplot2 para criar o seguinte gráfico de floresta:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(name = "", breaks=1: nrow (df), labels=df$study) 

O eixo x exibe o tamanho do efeito para cada estudo e o eixo y exibe o nome de cada estudo.

Os pontos no gráfico exibem o tamanho do efeito para cada estudo e as barras de erro mostram os limites do intervalo de confiança.

Observe que também podemos adicionar um título, alterar os rótulos dos eixos e adicionar uma linha vertical com tamanho de efeito zero para melhorar a aparência do gráfico:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_minimal() 

Sinta-se à vontade para mudar o tema do enredo para que fique do jeito que você deseja. Por exemplo, também poderíamos usar theme_classic() para uma aparência ainda mais clássica:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_classic() 

Recursos adicionais

Como criar um gráfico florestal no Excel
Um guia completo para os melhores temas ggplot2