Как создать лесной участок в r

Лесной график (иногда называемый «блоббограммой») используется в метаанализе для визуализации результатов нескольких исследований на одном графике.

Чай

Этот тип графика обеспечивает удобный способ одновременного просмотра результатов нескольких исследований.

В следующем примере показано, как создать лесной участок в R.

Пример: лесной участок в R

Чтобы создать лесной график в R, нам сначала нужно создать фрейм данных, содержащий размер эффекта (или другое интересующее значение), а также верхний и нижний доверительные интервалы для каждого исследования:

 #create data
df <- data. frame (study=c('S1', 'S2', 'S3', 'S4', 'S5', 'S6', 'S7'),
                 index=1:7,
                 effect=c(-.4, -.25, -.1, .1, .15, .2, .3),
                 lower=c(-.43, -.29, -.17, -.02, .04, .17, .27),
                 upper=c(-.37, -.21, -.03, .22, .24, .23, .33))

#view data
head(df)

  study index effect lower upper
1 S1 1 -0.40 -0.43 -0.37
2 S2 2 -0.25 -0.29 -0.21
3 S3 3 -0.10 -0.17 -0.03
4 S4 4 0.10 -0.02 0.22
5 S5 5 0.15 0.04 0.24
6 S6 6 0.20 0.17 0.23
7 S7 7 0.30 0.27 0.33

Далее мы можем использовать функции пакета визуализации данных ggplot2 для создания следующего лесного графика:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(name = "", breaks=1: nrow (df), labels=df$study) 

По оси X отображается размер эффекта для каждого исследования, а по оси Y — название каждого исследования.

Точки на графике отображают величину эффекта для каждого исследования, а столбцы ошибок показывают пределы доверительного интервала.

Обратите внимание, что мы также можем добавить заголовок, изменить метки осей и добавить вертикальную линию с нулевым размером эффекта, чтобы диаграмма выглядела лучше:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_minimal() 

Не стесняйтесь менять тему сюжета, чтобы он выглядел так, как вы хотите. Например, мы могли бы также использовать theme_classic() для еще более классического вида:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_classic() 

Дополнительные ресурсы

Как создать лесной участок в Excel
Полное руководство по лучшим темам ggplot2