Как использовать pheatmap() в r для создания тепловых карт

Вы можете использовать функцию pheatmap() пакета pheatmap в R для создания настраиваемых тепловых карт.

Следующие примеры показывают, как использовать эту функцию на практике со следующим поддельным набором данных:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

Пример 1. Создайте базовую тепловую карту

Мы можем создать тепловую карту с настройками по умолчанию в тепловой карте , чтобы визуализировать все значения матрицы:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

Пример 2. Создание тепловой карты с метками ячеек

Мы можем с помощью аргументов display_numbers и fontsize_number создать отображение числовых значений в каждой ячейке тепловой карты с определенным размером шрифта:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

Примечание . Значение по умолчанию для fontsize_number — 8 .

Пример 3. Создайте тепловую карту с пользовательскими цветами.

Мы также можем использовать аргумент colorRampPalette , чтобы указать, какие цвета использовать для низких, средних и высоких значений в тепловой карте:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

Низкие значения теперь отображаются синим цветом , средние значения отображаются белым , а высокие значения отображаются красным .

Не стесняйтесь указывать цвета, которые вы хотите создать для своей тепловой карты.

Дополнительные ресурсы

В следующих руководствах объясняется, как выполнять другие распространенные задачи в R:

Как создать тепловую карту корреляции в R
Как создать тепловую карту в R с помощью ggplot2
Как построить категориальные данные в R