วิธีใช้ pheatmap() ใน r เพื่อสร้างแผนที่ความร้อน

คุณสามารถใช้ฟังก์ชัน pheatmap() ของแพ็คเกจ pheatmap ใน R เพื่อสร้างแผนที่ความร้อนที่ปรับแต่งได้สูง

ตัวอย่างต่อไปนี้แสดงวิธีใช้ฟังก์ชันนี้ในทางปฏิบัติกับชุดข้อมูลปลอมต่อไปนี้:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

ตัวอย่างที่ 1: สร้างแผนที่ความร้อนพื้นฐาน

เราสามารถสร้างแผนที่ความร้อนด้วยการตั้งค่าเริ่มต้นใน แผนที่ความร้อน เพื่อให้เห็นภาพค่าเมทริกซ์ทั้งหมด:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

ตัวอย่างที่ 2: สร้างแผนที่ความร้อนพร้อมป้ายกำกับเซลล์

เราสามารถสร้างโดยใช้อาร์กิวเมนต์ display_numbers และ fontsize_number เพื่อแสดงค่าตัวเลขในแต่ละเซลล์ของแผนที่ความร้อนด้วยขนาดตัวอักษรเฉพาะ:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

หมายเหตุ : ค่าเริ่มต้นสำหรับ fontsize_number คือ 8

ตัวอย่างที่ 3: สร้างแผนที่ความร้อนด้วยสีที่กำหนดเอง

นอกจากนี้เรายังสามารถใช้อาร์กิวเมนต์ colorRampPalette เพื่อระบุสีที่จะใช้สำหรับค่าต่ำ ปานกลาง และสูงในแผนที่ความร้อน:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

ขณะนี้ค่าต่ำจะแสดงเป็น สีน้ำเงิน ค่ากลางจะแสดงเป็น สีขาว และค่าสูงจะแสดงเป็น สีแดง

คุณสามารถระบุสีที่คุณต้องการสร้างระดับสีของคุณเองสำหรับแผนที่ความร้อนของคุณได้

แหล่งข้อมูลเพิ่มเติม

บทช่วยสอนต่อไปนี้จะอธิบายวิธีดำเนินการงานทั่วไปอื่นๆ ใน R:

วิธีสร้างแผนที่ความร้อนสหสัมพันธ์ใน R
วิธีสร้างแผนที่ความร้อนใน R โดยใช้ ggplot2
วิธีการพล็อตข้อมูลหมวดหมู่ใน R