วิธีสร้างแผนที่ความร้อนใน r โดยใช้ ggplot2

บทช่วยสอนนี้จะอธิบายวิธีสร้างแผนที่ความร้อนใน R โดยใช้ ggplot2

ตัวอย่าง: การสร้างแผนที่ความร้อนใน R

ในการสร้างแผนที่ความร้อน เราจะใช้ชุดข้อมูล R mtcars ในตัว

 #view first six rows of mtcars
head(mtcars)

# mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb
#Mazda RX4 21.0 6 160 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4
#Mazda RX4 Wag 21.0 6 160 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4
#Datsun 710 22.8 4 108 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1
#Hornet 4 Drive 21.4 6 258 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1
#Hornet Sportabout 18.7 8 360 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2
#Valiant 18.1 6 225 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1

ปัจจุบัน mtcars อยู่ในรูปแบบกว้าง แต่เราจำเป็นต้องผสมผสานมันให้เป็นรูปแบบยาวเพื่อสร้างแผนที่ความร้อน

 #load reshape2 package to use melt() function
library(reshape2)

#melt mtcars into long format
melt_mtcars <- melt(mtcars)

#add column for car name
melt_mtcars$car <- rep(row.names(mtcars), 11)

#view first six rows of melt_mtcars
head(melt_mtcars)

# variable value char
#1 mpg 21.0 Mazda RX4
#2 mpg 21.0 Mazda RX4 Wag
#3 mpg 22.8 Datsun 710
#4 mpg 21.4 Hornet 4 Drive
#5 mpg 18.7 Hornet Sportabout
#6 mpg 18.1 Valiant

เราสามารถใช้โค้ดต่อไปนี้เพื่อสร้างแผนที่ความร้อนใน ggplot2:

 library(ggplot2)

ggplot(melt_mtcars, aes(variable, char)) +
  geom_tile(aes(fill = value), color = "white") +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "red")

น่าเสียดาย เนื่องจากค่า disp มีขนาดใหญ่กว่าค่าของตัวแปรอื่นๆ ทั้งหมดในกรอบข้อมูล จึงเป็นเรื่องยากที่จะเห็นการเปลี่ยนแปลงสีของตัวแปรอื่นๆ

วิธีหนึ่งในการแก้ปัญหานี้คือการปรับสเกลค่าของแต่ละตัวแปรจาก 0 เป็น 1 โดยใช้ฟังก์ชัน rescale() ในแพ็คเกจ scales() และฟังก์ชัน ddply() ในแพ็คเกจ plyr():

 #load libraries
library(plyr)
library(scales)

#rescale values for all variables in melted data frame
melt_mtcars <- ddply(melt_mtcars, .(variable), transform, rescale = rescale(value))

#create heatmap using rescaled values
ggplot(melt_mtcars, aes(variable, char)) +
  geom_tile(aes(fill = rescale), color = "white") +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "red")

นอกจากนี้เรายังสามารถเปลี่ยนสีแผนที่ความร้อนได้โดยการเปลี่ยนสีที่ใช้ในอาร์กิวเมนต์ scale_fill_gradient():

 #create heatmap using blue color scale
ggplot(melt_mtcars, aes(variable, char)) +
  geom_tile(aes(fill = rescale), color = "white") +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue")

โปรดทราบว่าปัจจุบันแผนที่ความร้อนได้รับการจัดหมวดหมู่ตามชื่อรถยนต์ เราสามารถเรียงลำดับแผนที่ความร้อนตามค่าของตัวแปรตัวใดตัวหนึ่งเช่น mpg แทนได้โดยใช้โค้ดต่อไปนี้:

 #define car name as a new column, then order by mpg descending
mtcars$car <- row.names(mtcars)
mtcars$car <- with(mtcars, reorder(car, mpg))

#melt mtcars into long format
melt_mtcars <- melt(mtcars)

#rescale values for all variables in melted data frame
melt_mtcars <- ddply(melt_mtcars, .(variable), transform, rescale = rescale(value))

#create heatmap using rescaled values
ggplot(melt_mtcars, aes(variable, char)) +
  geom_tile(aes(fill = rescale), color = "white") +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue")

หากต้องการจัดเรียงแผนที่ความร้อนโดยการเพิ่ม mpg เพียงใช้ -mpg ในอาร์กิวเมนต์ reorder():

 #define car name as a new column, then order by mpg descending
mtcars$car <- row.names(mtcars)
mtcars$car <- with(mtcars, reorder(car, -mpg ))

#melt mtcars into long format
melt_mtcars <- melt(mtcars)

#rescale values for all variables in melted data frame
melt_mtcars <- ddply(melt_mtcars, .(variable), transform, rescale = rescale(value))

#create heatmap using rescaled values
ggplot(melt_mtcars, aes(variable, char)) +
  geom_tile(aes(fill = rescale), color = "white") +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue")

สุดท้ายนี้ เราสามารถลบป้ายกำกับแกน x และ y รวมถึงคำอธิบายแผนภูมิได้ หากเราไม่ชอบรูปลักษณ์ของมันโดยใช้อาร์กิวเมนต์ labs() และ theme():

 #create heatmap with no axis labels or legend
ggplot(melt_mtcars, aes(variable, char)) +
  geom_tile(aes(fill = rescale), color = "white") +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "steelblue") +
  labs(x = "", y = "") +
  theme(legend.position = "none")