R'de bland-altman grafiği nasıl oluşturulur (adım adım)

Bland-Altman grafiği, iki farklı alet veya iki farklı ölçüm tekniği arasındaki ölçüm farklarını görselleştirmek için kullanılır.

Aynı kavramı ölçmede iki araç veya tekniğin ne kadar benzer olduğunu belirlemek açısından faydalıdır.

Bu eğitimde, R’de bir Bland-Altman grafiğinin nasıl oluşturulacağına ilişkin adım adım bir örnek sunulmaktadır.

1. Adım: Verileri oluşturun

Bir biyoloğun, 20 farklı kurbağadan oluşan aynı grubun ağırlığını gram cinsinden ölçmek için iki farklı alet (A ve B) kullandığını varsayalım.

Her kurbağanın, her alet tarafından ölçülen ağırlığını temsil eden, R’de aşağıdaki veri çerçevesini oluşturacağız:

 #create data
df <- data. frame (A=c(5, 5, 5, 6, 6, 7, 7, 7, 8, 8, 9,
                     10, 11, 13, 14, 14, 15, 18, 22, 25),
                 B=c(4, 4, 5, 5, 5, 7, 8, 6, 9, 7, 7, 11,
                     13, 13, 12, 13, 14, 19, 19, 24))

#view first six rows of data
head(df)

  AB
1 5 4
2 5 4
3 5 5
4 6 5
5 6 5
6 7 7

Adım 2: Ölçümlerdeki farkı hesaplayın

Daha sonra, veri çerçevesinde her kurbağanın ortalama ölçümünü ve ölçümler arasındaki farkı içeren iki yeni sütun oluşturacağız:

 #create new column for average measurement
df$avg <- rowMeans(df) 

#create new column for difference in measurements
df$diff <- df$A - df$B

#view first six rows of data
head(df)

  AB avg diff
1 5 4 4.5 1
2 5 4 4.5 1
3 5 5 5.0 0
4 6 5 5.5 1
5 6 5 5.5 1
6 7 7 7.0 0

Adım 3: Ortalama farkı ve güven aralığını hesaplayın

Daha sonra, iki enstrüman arasındaki ölçümlerdeki ortalama farkı ve ortalama fark için %95 güven aralığının üst ve alt sınırlarını hesaplayacağız:

 #find average difference
mean_diff <- mean(df$diff)

mean_diff

[1] 0.5

#find lower 95% confidence interval limits
lower <- mean_diff - 1.96*sd(df$diff)

lower

[1] -1.921465

#find upper 95% confidence interval limits
upper <- mean_diff + 1.96*sd(df$diff)

upper

[1] 2.921465

Ortalama fark 0,5 olarak ortaya çıkıyor ve ortalama fark için %95 güven aralığı [-1,921, 2,921] oluyor.

Adım 4: Bland-Altman Grafiğini Oluşturun

Daha sonra, ggplot2 veri görselleştirme paketini kullanarak bir Bland-Altman grafiği oluşturmak için aşağıdaki kodu kullanacağız:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create Bland-Altman plot
ggplot(df, aes (x = avg, y = diff)) +
  geom_point(size=2) +
  geom_hline(yintercept = mean_diff) +
  geom_hline(yintercept = lower, color = " red ", linetype=" dashed ") +
  geom_hline(yintercept = upper, color = " red ", linetype=" dashed ") +
  ggtitle(" Bland-Altman Plot ") +
  ylab(" Difference Between Measurements ") +
  xlab(" Average Measurement ") 

Grafiğin x ekseni iki aletin ortalama ölçümünü, y ekseni ise iki alet arasındaki ölçüm farkını gösterir.

Siyah çizgi, iki cihaz arasındaki ölçümlerdeki ortalama farkı temsil ederken, iki kırmızı noktalı çizgi, ortalama fark için %95 güven aralığının sınırlarını temsil eder.