Isı haritaları oluşturmak için r'de pheatmap () nasıl kullanılır?

Yüksek düzeyde özelleştirilmiş ısı haritaları oluşturmak için R’deki pheatmap paketinin pheatmap() işlevini kullanabilirsiniz.

Aşağıdaki örnekler, bu işlevin aşağıdaki sahte veri kümesiyle pratikte nasıl kullanılacağını göstermektedir:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

Örnek 1: Temel bir ısı haritası oluşturun

Tüm matris değerlerini görselleştirmek için ısı haritasındaki varsayılan ayarlarla bir ısı haritası oluşturabiliriz:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

Örnek 2: Hücre etiketleriyle ısı haritası oluşturma

Isı haritasının her hücresindeki sayısal değerleri belirli bir yazı tipi boyutuyla görüntülemek için display_numbers ve fontsize_number argümanlarını kullanarak oluşturabiliriz:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

Not : Fontsize_number’ın varsayılan değeri 8’dir .

Örnek 3: Özel renklerle ısı haritası oluşturma

Isı haritasındaki düşük, orta ve yüksek değerler için hangi renklerin kullanılacağını belirtmek amacıyla colorRampPalette argümanını da kullanabiliriz:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

Artık düşük değerler mavi , orta değerler beyaz , yüksek değerler ise kırmızı renkte gösteriliyor.

Isı haritanız için kendi renk skalanızı oluşturmak istediğiniz renkleri belirtmekten çekinmeyin.

Ek kaynaklar

Aşağıdaki eğitimlerde R’de diğer ortak görevlerin nasıl gerçekleştirileceği açıklanmaktadır:

R’de Korelasyon Isı Haritası Nasıl Oluşturulur
Ggplot2 kullanarak R’de ısı haritası nasıl oluşturulur
R’de kategorik veriler nasıl çizilir