Як створити лісову ділянку в р

Лісова ділянка (іноді її називають «блоббограмою») використовується в мета-аналізі для візуалізації результатів кількох досліджень на одній ділянці.

чай

Цей тип діаграми забезпечує зручний спосіб перегляду результатів кількох досліджень одночасно.

У наступному прикладі показано, як створити ділянку лісу в R.

Приклад: лісова ділянка в р

Щоб створити лісову діаграму в R, нам спочатку потрібно створити фрейм даних, що містить розмір ефекту (або інше цікаве значення) і верхній і нижній довірчі інтервали для кожного дослідження:

 #create data
df <- data. frame (study=c('S1', 'S2', 'S3', 'S4', 'S5', 'S6', 'S7'),
                 index=1:7,
                 effect=c(-.4, -.25, -.1, .1, .15, .2, .3),
                 lower=c(-.43, -.29, -.17, -.02, .04, .17, .27),
                 upper=c(-.37, -.21, -.03, .22, .24, .23, .33))

#view data
head(df)

  study index effect lower upper
1 S1 1 -0.40 -0.43 -0.37
2 S2 2 -0.25 -0.29 -0.21
3 S3 3 -0.10 -0.17 -0.03
4 S4 4 0.10 -0.02 0.22
5 S5 5 0.15 0.04 0.24
6 S6 6 0.20 0.17 0.23
7 S7 7 0.30 0.27 0.33

Далі ми можемо використати функції пакета візуалізації даних ggplot2, щоб створити такий лісовий графік:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(name = "", breaks=1: nrow (df), labels=df$study) 

На осі X відображається розмір ефекту для кожного дослідження, а на осі Y – назва кожного дослідження.

Точки на графіку відображають розмір ефекту для кожного дослідження, а смуги помилок показують межі довірчого інтервалу.

Зауважте, що ми також можемо додати заголовок, змінити мітки осі та додати вертикальну лінію з нульовим розміром ефекту, щоб зробити діаграму кращою:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_minimal() 

Сміливо змінюйте тему сюжету, щоб він виглядав так, як вам хочеться. Наприклад, ми також можемо використати theme_classic() для ще більш класичного вигляду:

 #load ggplot2
library (ggplot2)

#create forest plot
ggplot(data=df, aes (y=index, x=effect, xmin=lower, xmax=upper)) +
  geom_point() + 
  geom_errorbarh(height= .1 ) +
  scale_y_continuous(breaks=1: nrow (df), labels=df$study) +
  labs(title=' Effect Size by Study ', x=' Effect Size ', y = ' Study ') +
  geom_vline(xintercept=0, color=' black ', linetype=' dashed ', alpha= .5 ) +
  theme_classic() 

Додаткові ресурси

Як створити ділянку лісу в Excel
Повний посібник із найкращих тем ggplot2