Як обчислити несхожість брея-кертіса в r

Несхожість Брей-Кертіса — це спосіб вимірювання відмінності між двома різними сайтами.

Він часто використовується в екології та біології для кількісного визначення різниці між двома ділянками з точки зору видів, знайдених на цих ділянках.

Він розраховується таким чином:

BC _ij = 1 – (2*C _ij ) / (S _i + S _j )

золото:

• C _ij : сума найнижчих значень для видів, знайдених на кожному місці.
• S _i : Загальна кількість підрахованих зразків на ділянці i
• S _j : Загальна кількість зразків, підрахованих на ділянці j

Відмінність Брея-Кертіса завжди між 0 і 1, де:

• 0 означає, що два сайти не мають відмінностей. Іншими словами, вони поділяють однакову кількість кожного типу видів.
• 1 вказує на те, що два місця мають повну несхожість. Іншими словами, вони не мають жодного виду одного типу.

Наприклад, припустимо, що ботанік виходить і підраховує кількість п’яти різних видів рослин (A, B, C, D і E) у двох різних місцях.

У наведеній нижче таблиці підсумовуються дані, які вона зібрала:

Використовуючи ці дані, вона може обчислити різницю Брей-Кертіса наступним чином:

Інтегруючи ці числа у формулу неподібності Брея-Кертіса, ми отримуємо:

• BC _ij = 1 – (2*C _ij ) / (S _i + S _j )
• BC _ij = 1 – (2*15) / (21 + 24)
• BC _ij = 0,33

Відмінність Брея-Кертіса між цими двома сайтами становить 0,33 .

У наступному прикладі показано, як обчислити несхожість Брея-Кертіса в R.

Приклад: обчислення неподібності Брея-Кертіса в R

Спочатку давайте створимо наступний фрейм даних у R для зберігання наших значень даних:

 #create data frame
df <- data. frame (A=c(4, 3),
                 B=c(0, 6),
                 C=c(2, 0),
                 D=c(7, 4),
                 E=c(8, 11))

#view data frame
df

  A B C D E
1 4 0 2 7 8
2 3 6 0 4 11

Ми можемо використати такий код, щоб обчислити різницю Брея-Кертіса між двома рядками у кадрі даних:

 #calculate Bray–Curtis dissimilarity
sum( apply (df, 2, function (x) abs ( max (x)- min (x)))) / sum ( rowSums (df))

[1] 0.3333333

Брей-Кертіс виявляється інакше 0,33 .

Це відповідає значенню, яке ми обчислили раніше вручну.

Примітка . Ця формула працюватиме, лише якщо кожен рядок у фреймі даних представляє окремий сайт.

Додаткові ресурси

У наступних посібниках пояснюється, як обчислити інші показники подібності в R:

Як обчислити подібність Жаккара в R
Як обчислити подібність косинуса в R