Як створити діаграму бленда-альтмана в python

Діаграма Бланда-Альтмана використовується для візуалізації відмінностей вимірювань між двома різними приладами або двома різними методами вимірювання.

Це корисно для визначення того, наскільки схожі два інструменти або техніки для вимірювання однієї концепції.

Цей підручник надає покроковий приклад того, як створити діаграму Бленда-Альтмана в Python.

Крок 1: Створіть дані

Припустімо, що біолог використовує два різні інструменти (А і В), щоб виміряти вагу одного і того ж набору з 20 різних жаб у грамах.

Ми створимо наступний кадр даних, який представлятиме вагу кожної жаби, виміряну кожним інструментом:

 import pandas as pd

df = pd. DataFrame ({' A ': [5, 5, 5, 6, 6, 7, 7, 7, 8, 8, 9,
                         10, 11, 13, 14, 14, 15, 18, 22, 25],
                   ' B ': [4, 4, 5, 5, 5, 7, 8, 6, 9, 7, 7, 11,
                         13, 13, 12, 13, 14, 19, 19, 24]})

Крок 2: Створіть графік Бланда-Альтмана

Далі ми використаємо функцію Mean_diff_plot() із пакету statsmodels, щоб створити графік Бленда-Альтмана:

 import statsmodels. api as sm
import matplotlib. pyplot as plt

#create Bland-Altman plot                  
f, ax = plt. subplots (1,figsize=(8,5))
sm. graphics . mean_diff_plot (df.A, df.B, ax = ax)

#display Bland-Altman plot
plt. show () 

На осі абсцис графіка відображається середнє значення двох приладів, а на осі у – різниця вимірювань між двома інструментами.

Суцільна чорна лінія представляє середню різницю вимірювань між двома інструментами, а дві пунктирні лінії представляють межі 95% довірчого інтервалу для середньої різниці.

Середня різниця виявляється 0,5 , а 95% довірчий інтервал для середньої різниці становить [-1,86, 2,86] .