Як використовувати pheatmap() у r для створення теплових карт

Ви можете використовувати функцію pheatmap() пакета pheatmap у R, щоб створювати налаштовані теплові карти.

У наведених нижче прикладах показано, як використовувати цю функцію на практиці з таким підробленим набором даних:

 #make this example reproducible
set. seeds (1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data[1:10, seq(1, 5, 1)] = data[1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste(" T ", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste(" Gene ", 1:20, sep="")

#view matrx
data

                T1 T2 T3 T4 T5
Gene1 2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2 3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3 2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4 4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5 3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6 2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7 3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8 3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9 3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10 2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11 1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12 0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15 1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18 0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19 0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20 0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

Приклад 1: Створіть базову теплову карту

Ми можемо створити теплову карту з налаштуваннями за замовчуванням у тепловій карті , щоб візуалізувати всі значення матриці:

 library (heatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data) 

Приклад 2: Створення теплової карти з мітками клітинок

Ми можемо створити за допомогою аргументів display_numbers і fontsize_number для відображення числових значень у кожній комірці теплової карти з певним розміром шрифту:

 library (heatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers= TRUE , fontsize_number= 12 )

Примітка : значення за замовчуванням для fontsize_number становить 8 .

Приклад 3. Створення теплової карти з власними кольорами

Ми також можемо використовувати аргумент colorRampPalette , щоб вказати, які кольори використовувати для низьких, середніх і високих значень на тепловій карті:

 library (heatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c(" blue ", " white ", " red "))(20)) 

Низькі значення тепер відображаються синім кольором , середні значення відображаються білим , а високі значення відображаються червоним кольором .

Не соромтеся вказати кольори, які ви хочете створити власну шкалу кольорів для вашої теплової карти.

Додаткові ресурси

У наступних посібниках пояснюється, як виконувати інші типові завдання в R:

Як створити кореляційну теплову карту в R
Як створити теплову карту в R за допомогою ggplot2
Як побудувати категоріальні дані в R