Comment utiliser pheatmap() dans R pour créer des cartes thermiques

Vous pouvez utiliser la fonction pheatmap() du package pheatmap dans R pour créer des cartes thermiques hautement personnalisées.

Les exemples suivants montrent comment utiliser cette fonction en pratique avec le faux ensemble de données suivant :

#make this example reproducible
set.seed(1)

#create matrix with fake data values
data = matrix(rnorm(100), 20, 5)
data [1:10, seq(1, 5, 1)] = data [1:10, seq(1, 5, 1)] + 3
data [11:20, seq(2, 5, 1)] = data [11:20, seq(2, 5, 1)] + 2
data [15:20, seq(2, 5, 1)] = data [15:20, seq(2, 5, 1)] + 4

#add column names and row names
colnames(data) = paste("T", 1:5, sep = "")
rownames(data) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

#view matrx
data

                T1       T2        T3       T4       T5
Gene1   2.37354619 3.918977 2.8354764 5.401618 2.431331
Gene2   3.18364332 3.782136 2.7466383 2.960760 2.864821
Gene3   2.16437139 3.074565 3.6969634 3.689739 4.178087
Gene4   4.59528080 1.010648 3.5566632 3.028002 1.476433
Gene5   3.32950777 3.619826 2.3112443 2.256727 3.593946
Gene6   2.17953162 2.943871 2.2925048 3.188792 3.332950
Gene7   3.48742905 2.844204 3.3645820 1.195041 4.063100
Gene8   3.73832471 1.529248 3.7685329 4.465555 2.695816
Gene9   3.57578135 2.521850 2.8876538 3.153253 3.370019
Gene10  2.69461161 3.417942 3.8811077 5.172612 3.267099
Gene11  1.51178117 3.358680 2.3981059 2.475510 1.457480
Gene12  0.38984324 1.897212 1.3879736 1.290054 3.207868
Gene13 -0.62124058 2.387672 2.3411197 2.610726 3.160403
Gene14 -2.21469989 1.946195 0.8706369 1.065902 2.700214
Gene15  1.12493092 4.622940 7.4330237 4.746367 7.586833
Gene16 -0.04493361 5.585005 7.9803999 6.291446 6.558486
Gene17 -0.01619026 5.605710 5.6327785 5.556708 4.723408
Gene18  0.94383621 5.940687 4.9558654 6.001105 5.426735
Gene19  0.82122120 7.100025 6.5697196 6.074341 4.775387
Gene20  0.59390132 6.763176 5.8649454 5.410479 5.526599

Exemple 1 : Créer une carte thermique de base

Nous pouvons créer une heatmap avec les paramètres par défaut dans pheatmap pour visualiser toutes les valeurs de la matrice :

library(pheatmap)

#create basic heatmap
pheatmap(data)

Exemple 2 : créer une carte thermique avec des étiquettes de cellules

Nous pouvons créer en utilisant les arguments display_numbers et fontsize_number pour afficher les valeurs numériques dans chaque cellule de la heatmap avec une taille de police spécifique :

library(pheatmap)

#create heatmap with numerical labels in cells
pheatmap(data, display_numbers=TRUE, fontsize_number=12)

Remarque : La valeur par défaut de fontsize_number est 8 .

Exemple 3 : Créer une carte thermique avec des couleurs personnalisées

Nous pouvons également utiliser l’argument colorRampPalette pour spécifier les couleurs à utiliser pour les valeurs faibles, moyennes et élevées dans la carte thermique :

library(pheatmap)

#create heatmap with custom colors
pheatmap(data, color=colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(20))

Les valeurs basses sont désormais affichées en bleu , les valeurs moyennes sont affichées en blanc et les valeurs élevées sont affichées en rouge .

N’hésitez pas à spécifier les couleurs que vous souhaitez pour créer votre propre échelle de couleurs pour votre carte thermique.

Ressources additionnelles

Les didacticiels suivants expliquent comment effectuer d’autres tâches courantes dans R :

Comment créer une carte thermique de corrélation dans R
Comment créer une carte thermique dans R à l’aide de ggplot2
Comment tracer des données catégorielles dans R